院长是一个职位，单位的主管人员，法定负责人。院士是一个称谓。具体怎么理解可以参考下面的内容：
一、院长
这一称呼泛指以“院”为名称的单位的主管人员，一般是某种单位的法定责任人，例如，法院的“院长”，医院的“院长”，敬老院的“院长”，某学院的“院长”等等。
二、院士
院士不是学位称呼，世界各国一般使用“院士”这一称谓来命名自己国家最杰出的科学家，是学术界给予科学家的最高荣誉称号。在中国，院士通常是指中国科学院院士或中国工程院院士，是经过两院评选出来的在某个领域有深入研究或造诣很深的科学家。2013年11月15日公布的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》中，明确要求“改革院士遴选和管理体制，优化学科布局，提高中青年人才比例，实行院士退休和退出制度”。
选举程序
国内标准
在科学技术领域做出系统的、创造性的成就和重大贡献，热爱祖国，学风正派，具有中国国籍的研究员、教授或同等职称的学者、专家(含居住在香港、澳门特别行政区和台湾省以 相关图片及侨居他国的中国籍学者、专家)，均可被推荐并当选为中国科学院院士。
增选院士每两年进行一次，每次增选总名额不超过60名。各学部每次增选名额的分配，由院士大会的常设领导机构根据学科布局和学科发展趋势确定。院士候选人通过以下两种途径推荐，不受理本人申请。
(一)院士直接推荐候选人。每次增选，每位院士推荐候选人限额不超过两名；获得3名或3名以上院士推荐为有效。对居住在香港、澳门特别行政区和台湾省以及侨居他国的中国籍学者、专家的推荐，仅适用此款。
(二)国内各有关科学技术研究机构、高等院校和中国科协所属一级学会，按组织系统推荐候选人。此类候选人，必须经过其主管部门、中国科协或省、自治区、直辖市组织初选。
各学部常务委员会组织院士对候选人进行评审和选举。评审必须坚持标准，遵循公正、客观的原则，对候选人进行全面、科学的评价。选举实行差额无记名投票，差额比例为百分之四十。各学部参加投票选举的院士人数，应超过该学部院士人数的二分之一。获得赞同票不少于投票人数三分之二的候选人，按该学部应选名额，根据得票数依次当选，满额为止。选举结果分别由各学部常务委员会检查确认，经院士大会常设领导机构审议批准后，以书面形式向全体院士通报。
根据《中华人民共和国国籍法》第三条关于中华人民共和国不承认其公民具有双重国籍的规定，院士加入外国国籍后，即为自动放弃院士称号。当院士的个人行为触犯国家法律，危害国家利益或丧失科学道德，违背院士标准，有不少于5名院士书面提议，要求撤销其院士称号时，由其所在学部常务委员会受理并审议后，通过该学部全体院士投票表决，可做出撤销其院士称号的决定。做出此项决定时，参加投票表决的院士人数，不得少于该学部院士人数的三分之二，赞同撤销其院士称号的票数不得少于投票人数的三分之二。该项决定，需经院士大会常设领导机构审查批准生效，并通报全体院士。
外籍标准
对中国科学技术事业做出重要贡献，在国际上具有很高学术地位的外国籍学 相关图片者,专家，可被推荐并当选为中国科学院外籍院士(以下简称外籍院士)。选举外籍院士，每两年进行一次。每次选举，每位院士推荐1名候选人，获得不少于5名院士的推荐为有效。外籍院士由全体院士实行无记名投票选举，其选举工作与院士增选工作同年进行。参加投票选举的院士人数，应超过院士总人数的二分之一，获得赞同票不少于投票人数三分之二的候选人当选。外籍院士对中国科学技术发展和中国科学院学部工作有建议权；可应邀出席中国科学院学部组织的有关会议和学术活动；可获得中国科学院学部赠送的有关出版物。外籍院士不享有对院士候选人和外籍院士候选人的推荐权；不享有选举权和被选举权。外籍院士在取得中国国籍后，可直接转为院士或资深院士，并享有同等义务、权利及有关待遇。