根据《立法法》第八十五条 :法律之间对同一事项的新的一般规定与旧的特别规定不一致,不能确定如何适用时,由全国人民代表大会常务委员会裁决。
裁决的程序本法没有规定,一般是由执法机关逐级上报到全国人大常委会。如可以通过本系统,上报到国务院、中央军事委员会、最高人民法院、最高人民检察院和各省、自治区、直辖市人大常委会,由它们向全国人大常委会提出。全国人大常委会的裁决在性质上与法律解释相类似。因此,裁决程序原则上可以参照法律解释的程序。
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当司法机关不能确定选择适用的规则时,应按照《立法法》第85条、86条的规定,逐级上报到最高人民法院或最高人民检察院,由最高人民法院或最高人民检察院送请有关机关裁决:
1、同一机关制定的新一一般规定与旧的特别规定不一致时,由制定机关裁决。
2、地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致,不能确定如何适用时,由国务院提出意见,国务院认为应当适用地方性法规的,应当决定在该地方适用地方性法规的规定;认为应当适用部门规章的,应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决。
3、部门规章之间、部门规章与地方政府规章之间对同一事项的规定不一致时,由国务院裁决。
4、根据授权制定的法规与法律规定不一致,不能确定如何适用时,由全国人民代表大会常务委员会裁决。
参考资料来源:百度百科-中华人民共和国立法法