三省六部制的核心在三省（即相权的分割）。六部只是一个具体的行政技术细节。
“三省”的渊源可以追溯到到魏晋南北朝。彼时，三省制已经初现端睨，中枢机构已经隐约地形成决策、审议和执行三个机构，分别对应中书，门下，尚书（即三省）。这种设计的目的是将中枢大权在不同部门间分割，使其相互制约，在兼够政令通畅的同时，避免权臣集大权于一身而威胁皇室。
但这一时间，“三省”并末有机地结合起来。尽管三省的长官都号称“宰相”，但在具体的权力分配和行使上，并未形成“制度”，而是“因人而异”，往往皇帝宠信哪一省，该省的职权就随之上升而压倒其它两省，反之亦然。这种现象，表明“三省”虽已初现端睨，但还不够成熟。
三省制的真正成熟是隋唐时期。彼时的三省制将中书省、门下省和尚书省并列设置，以中书省长官中书令、门下省长官侍中和尚书省长官尚书令行使宰相职权，共议朝政。尚书省下设左右丞、左右司郎中、左右司员外郎，分管吏、户、礼、兵、刑、工等六部。所谓“三省六部制”，到此时才真正“瓜熟蒂落”。六部的设立是中国古代行政管理史上的一件具有划时代意义的大事。六部制很好的归纳了国家行政管理的特点，使各项行政事务都有一个明确的主管机构（有司）负责。这一制度是如此的好，以至于从其设立之初到清末，其基本架构都被各朝所沿用。
隋唐时，中书省出令，门下省封驳，尚书省执行，三省各有分职，各有事权，三省长官都是事实上的宰相，但需要将三省相权合起才能构成一个完整的相权。相权由此一分为三，相互制约。
但唐朝的三省分权制随着时间的变化也在变化。唐初，只有三省长官才是真正的宰相，只有他们才有资格在门下省的政事堂办公。为避免三省长官专权，皇帝常常提拔一些低阶心腹官员，加街“同中书门下平章事”，让他们有资格进入政事堂参与政事，削弱和分化三省长官本有的权力。政事堂也由门下省迁到中门省。这些以“同中书门下平章事”身份参与朝政的人物，逐渐取代了三省长官并凌驾于三省之上，反而把三省变成了下属的执行机构，使“中书令＋侍中＋尚书令＝完整宰相”的体系趋于瓦解。
从隋唐三省六部制的成熟和演化可以看出，相权的分权实终是皇权考虑的重点。为保持帝国中枢的运转，皇帝离不开“宰相”们的协助。但出于帝位的安全考虑，皇权会本能的警惕相权的集中和壮大，因而不遗余力的抑制和分化相权。也正是在这种思路下，皇权被不断的强化再强化，明太祖彻底废除了宰相的称号，改以内阁，雍正帝设立军机处，从源头上看，也与其无不关系。
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