以下是和黑衣组织及FBI有关的集数。
001 云霄飞车杀人事件
005 新干线大爆破事件
（注：漫画中柯南得知琴酒和伏特加的名字，动画中被改了。）
054 电玩公司杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会(灰原编)
177 与黑暗组织的再会(柯南编)
178 与黑暗组织的再会(解决编)
230 迷一样的乘客(前编)
231 迷一样的乘客(后编)
258 来自芝加哥的男人(前编)
259 来自芝加哥的男人(后编)
269 犯罪的纪念品(前编)
270 犯罪的纪念品(后编)
271 急忙掩饰的忽略(前编)
272 急忙掩饰的忽略(后编)
277 英语教师VS西部名侦探(前编)
278 英语教师VS西部名侦探(后编)
279 迷宫的阴暗（前篇）
284 中华街雨中的似曾相识(前编)
285 中华街雨中的似曾相识(后编)
286 工藤新一NY事件(事件编)
287 工藤新一NY事件(推理编)
288 工藤新一NY事件(解决编)
289 迷途森林的光彦(前编)
290 迷途森林的光彦(后编)
307 没有留下声音的证据(前编)
308 没有留下声音的证据(后编)
309 与黑暗组织接触(交涉编)
310 与黑暗组织接触(追击编)
311 与黑暗组织接触(决死编)
335 东都显影所的秘密（前篇）
336 东都显影所的秘密（后篇）
338 4台保时捷（前篇）
339 4台保时捷（后篇）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
343 小兰的推理（前编）
344 小兰的推理（前编）
345 与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（前奏曲）
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（后奏曲）
394 奇异屋宇的大冒险（封印篇）
425 Black impact ! 被组织的魔掌触碰的瞬间
平次
048 外交官杀人事件（前篇）
049 外交官杀人事件（后篇）
057 福尔摩斯迷杀人事件（前篇）
058 福尔摩斯迷杀人事件（后篇）
077 名门连续惨死事件（前篇）
078 名门连续惨死事件（后篇）
117 推理小说家失踪事件（后篇）
118 浪花连续杀人事件（1小时特别篇）
141 结婚前夜的密室事件（前篇）
142 结婚前夜的密室事件（后篇）
166 鸟取蜘蛛屋的怪物（事件篇）
167 鸟取蜘蛛屋的怪物（疑惑篇）
168 鸟取蜘蛛屋的怪物（解决篇）
174 20年的杀意 新佛尼号连续杀人事件 （2小时特别篇）
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
220 满口谎言的委托人（前篇） 平次母亲
221 满口谎言的委托人（后篇）
222 人鱼失踪记（事件篇）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
238 大阪的3个K事件（前篇）
239 大阪的3个K事件（后篇）
263 大阪双重迷案-浪花剣士与太阁之城（2小时特别篇）
277 英语教师VS西部名侦探（上）
278 英语教师VS西部名侦探（下）
291 孤岛的公主与龙宫城（事件篇）
292 孤岛的公主与龙宫城（追求篇）
293 孤岛的公主与龙宫城（解决篇）
323 服部平次一筹莫展（前篇）
324 服部平次一筹莫展（后篇）
325 火焰中的红马（事件篇）
326 火焰中的红马（搜查篇）
327 火焰中的红马（解决篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（2.5小时特别篇）
381 谁的推理秀（前篇）
382 谁的推理秀（后篇）
383 甲子园的奇迹 绝不能输给看不见的恶魔（2小时特别篇）
406 柯南和平次的推理魔术（操纵篇）
407 柯南和平次的推理魔术（公馆篇）
408 柯南和平次的推理魔术（解决篇）
剧场版:
《世纪末的魔术师》
《迷宫的十字路口》
《侦探们的阵魂曲》
OVA2:16个嫌疑犯
OVA3:柯南与平次与消失少年
OVA6:追踪消失的钻石！柯南&平次vsKID！
被伤记录：
1、 TV57 挨了毛利的拳头
2 、TV118 阻止坂田自杀时被枪打中小腹
3 、TV141 被新一踢了一脚
4、TV167 挨了和叶一耳光
5 、TV174 被凶手打中头部，掉入海里
6、 TV224 被和叶用“儒艮之箭”刺伤手腕
7 、TV263 挨了和叶的拳头、与犯人对打脸被划伤、被服部平藏打的嘴角流血
8、 TV323、324 被犯人打的鼻青脸肿
9 、剧场版3 出了车祸
10、 剧场版7 在与犯人第一次对决时被打伤头部
新一
TV001 云霄飞车杀人事件
TV049 外交官杀人事件(后篇)
TV162 (特别篇7)飞天密室 工藤新一最初的事件
TV190 危命的复活 第三种选择
TV191 危命的复活 黑衣骑士
TV192 危命的复活 新一回来了
TV193 危命的复活 约定的场所
TV219 (特别篇11) 被召集的名侦探 新一 VS 怪盗基德
TV286 工藤新一NY事件(事件篇)
TV287 工藤新一NY事件(推理篇)
TV288 工藤新一NY事件(解决篇)
TV400 心存疑惑的小兰（新一的出场在小兰的回忆中）
剧场版
第1弹 引爆摩天大楼
第3弹 世纪末的魔术师（这个是KID扮的）
第7弹 迷宫的十字路口
第8弹 银翼的魔术师（这个新一是KID装的）
OVA 第一部
有希子&优作（明显比妻子少）
Movie6-贝克街的亡灵
043 江户川柯南诱拐事件
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件 （2小时特别篇）
144 上野出发北斗星3号（前篇）
145 上野出发北斗星3号（后篇）
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
286 工藤新一NY事件（事件篇）
287 工藤新一NY事件（推理篇）
288 工藤新一NY事件（解决篇）
335 东都显影所的秘密（前篇）
336 东都显影所的秘密（后篇）
333 相似的女王陛下（前篇）
334 相似的女王陛下（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（2.5小时特别篇）
妃
Ova2-16个嫌疑犯
Movie2-第十四个目标
Movie4-瞳孔中的暗杀者
032 咖啡店杀人事件
114 有氧潜水杀人事件（前篇）
115 有氧潜水杀人事件（后篇）
199 嫌疑犯毛利小五郎（前篇）
200 嫌疑犯毛利小五郎（后篇）
265 法庭的对决 妃VS小五郎（前篇）
264 法庭的对决 妃VS小五郎（后篇）
297 法庭的对决2 妃VS九条（前篇）
298 法庭的对决2 妃VS九条（后篇）
306 看不见的嫌疑犯（后篇）
333 相似的女王陛下（前篇）
334 相似的女王陛下（后篇）
基德（有上升趋势）
076 柯南对怪盗基德
132 魔术爱好者杀人事件(事件编)
133 魔术爱好者杀人事件(疑惑编)
134 魔术爱好者杀人事件(解决编)
219 名侦探大集合 工藤新一vs怪盗基德
356 怪盗基德之奇异的空中步行
394 奇异屋宇的大冒险（封印篇）
395 奇异屋宇的大冒险（机关篇）
396 奇异屋宇的大冒险（解决篇）
剧场版：
之三《世纪末的魔术师》
之八《银翼的魔术师》
之十《侦探们的安魂曲》
OVA：
之一《柯南 vs Kid vs Yaiba 宝刀争夺大作战!》
之三《基德与水晶之母》
之六《追踪消失的宝石!柯南&平次VS基德》
赤井秀一（基本上都是一闪而过）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
258 来自芝加哥的男人（前篇）
259 来自芝加哥的男人（后篇）
270 犯罪的纪念品（后篇）
288 工藤新一NY事件（解决篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
335 东都显影所的秘密（前篇）
336 东都显影所的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（2.5小时特别篇）
哀
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇)
135 消失的凶器搜索事件
136 青色古堡探索事件(前篇)
137 青色古堡探索事件(后篇)
138 最后上映的杀人事件(前篇)
139 最后上映的杀人事件(后篇)
140 SOS！步美传达的讯息
146 本厅刑事恋爱物语(前篇)
147 本厅刑事恋爱物语(后篇)
156 本厅刑事恋爱物语Ⅱ(前篇)
157 本厅刑事恋爱物语Ⅱ(后篇)
174 20年的杀意，新佛尼号连续杀人事件（出场约10秒……）
176 与黑暗组织的再会(灰原篇)
177 与黑暗组织的再会(柯南篇)
178 与黑暗组织的再会(解决篇)
182 九门大搜索
188 危命的复活 洞窟中的侦探团
189 危命的复活 负伤的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
194 意味深长的八音盒(前篇)
195 意味深长的八音盒(后篇)
205 本厅刑事恋爱物语Ⅲ(前篇)
206 本厅刑事恋爱物语Ⅲ(后篇)
212 蘑菇、山熊和侦探队(前篇)
213 蘑菇、山熊和侦探队(后篇)
225 生意兴隆的秘密
230 迷一样的乘客(前篇)
231 迷一样的乘客(后篇)
233 无法消失的证据(前篇)
234 无法消失的证据(后篇)
242 元太的灾难
246 陷入网中的谜团(前篇)
247 陷入网中的谜团(后篇)
258 来自芝加哥的男人(前篇)
259 来自芝加哥的男人(后篇)
266 情人节的真相(事件篇)
269 犯罪的纪念品(前篇)
270 犯罪的纪念品(后篇)
276 警察手册丢失事件
277 英语教师VS西部名侦探(前篇)
278 英语教师VS西部名侦探(后篇)
279 迷宫的足球流氓(前篇)
280 迷宫的足球流氓(后篇)
289 迷途森林的光彦(前篇)
290 迷途森林的光彦(后篇)
294 爱与决心的粉碎(前篇)
295 爱与决心的粉碎(后篇)
301 恶意与圣者的行进(前篇)
302 恶意与圣者的行进(后篇)
304 震动的警视厅 1200万人质
309 与黑暗组织接触(交涉篇)
310 与黑暗组织接触(追击篇)
311 与黑暗组织接触(决死篇)
312 夕阳染红的女儿节人偶(前篇)
313 夕阳染红的女儿节人偶(后篇)
329 金钱买不到的友情(前篇)
330 金钱买不到的友情(后篇)
335 东京现影所的秘密(前篇)
336 东京现影所的秘密(前篇)
338 4台保时捷(前篇)
339 4台保时捷(后篇)
340 厕所里隐藏的秘密(前篇)
341 厕所里隐藏的秘密(后篇)
343 便利店的陷阱(前篇)
344 便利店的陷阱(后篇)
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
346 寻找屁股上的印记(前篇)
347 寻找屁股上的印记(后篇)
348 爱与幽灵与地球遗产(前篇)
349 爱与幽灵与地球遗产(后篇)
358 本厅刑事恋爱故事5（前篇）
359 本厅刑事恋爱故事5（后篇）
360 不可思议的春天甲壳虫
361 帝丹高中学校怪谈（前篇)
366 显而易见的码头惨剧 （前编）
367 显而易见的码头惨剧 （后编）
373 剧毒蜘蛛的陷阱
374 星星和香烟的暗号（前编）
375 星星和香烟的暗号（后编)
376 限时15时！
390 本厅刑事恋爱故事6（前篇）
391 本厅刑事恋爱故事6（后篇）
394 奇妙古屋的大冒险（封印篇）
395 奇妙古屋的大冒险（机关篇）
396 奇妙古屋的大冒险（解决篇）
401 宝石强盗现行犯（前篇）
402 宝石强盗现行犯（后篇）
403 不可思议的天使公馆（前篇）
404 不可思议的天使公馆（后篇）
411 神社鸟居惊人暗号（前篇）
412 神社鸟居惊人暗号（后篇）
414 少年侦探团与青鸟
418 米花町阁楼之家
421 银杏色的初恋（前篇）
422 银杏色的处恋（后篇）
425 2.5小时特别篇被组织的魔掌触碰的瞬间
427 超秘密的上学路（前篇）
428-超秘密的上学路（后篇）
435 以侦探团为焦点的专访（前篇）
436 以侦探团为焦点的专访（后篇）
443 叹气拾潮（前篇）
444 叹气拾潮（后篇）
剧场板出现集数：
世纪末的魔术师
瞳孔中的暗杀者
通向天国的倒计时
贝克街的亡灵
银翼魔术师
水平线上的阴谋
侦探们的镇魂曲
特别篇出现集数：
特别篇-黑衣组织满月对决
特别篇-震动的警视厅的1200万人质
OVA出现：
OVA1 柯南对基德宝刀争夺战
OVA2 十六人的嫌疑者
OVA5 目标是小五郎!!少年侦探团的秘密调查。
喜欢哪个人物，就挑着看吧！476集的东东不可能一集不落地看完。我就是单挑哀的看。
参考资料：转BT某处