学位差异：物流工程属于工科拿的是工学学位，物流管理是文科拿的是管理学学位。
教学差异：物流工程对数学要求较高，除了物流基础知识课程外比较注重物流技术的方面的知识培养，比如物流园区规划、系统优化、选址、计算机语言、仿真等等。物流管理相对物流工程数学要求不高，偏重经济和管理方向的知识培养。
就业前景差异：物流工程属于工科，课程开设难些，同等条件下对学生能力培养效果要好些。公司在情况大致相同的时候可能比较偏向于物流工程的同学。
对于物流就业发表一些看法仅供参考：
物流学科是一个新的学科，在很多院校这个学科一开设就受到很多考生的青睐。但是由于我国物流基础很薄弱，学生毕业生后就业不太理想，因此物流就开始在“次圈内”，产生了恶名。叫“次圈内”主要指那些接触过物流，了解一些物流的人群。近两年物流受到各方的重视，特别是企业，很多大型制造公司都专门开设了物流部门，物流专业毕业生开始走俏。以华为为例，2011年华为打算招收1000名供应链应届毕业生，起薪8000，华为作为具有巨大影响力和薪酬吸引力的企业吸引大量人才视乎是很容易的事情。但是华为降低英语和专业要求的情况下仍然没招满。四川一交通运输类高校物流专业本科生在2010年11月就几乎全部签完，研究生无论男生女生手上有几分录用通知的比比皆是。在临近毕业的这几天还有公司向毕业班同学发短信招聘职员，代出违约金。同样是这个学校在前两年就越形式却不像现在那么乐观。
在这里仅仅是拿一个事实的例子说明一下物流就业形式开始好转，当然这也跟就读学校有关，如果是就读高职、高专肯定不会这么火爆，但是跟本学校本专业前两年相比肯定要好得多。
在谈谈就业后的机遇问题：
上面不是谈到很多企业（特别是大型制造企业）成立物流部或专门的物流子公司，这些部门一般要求专业的毕业生，部门在不断的扩张，升迁机会很大。认识一人是的在一家国内非常有名的汽车制造公司全资物流子公司上班，今年6月正式毕业，去实现了半年现在已经是办公室主任了。
男女生就业差别：
物流专业对女生多多少少会有一些性别歧视，就业企业一般是专业物流公司和大型制造企业，类似于顺风、中铁快运、中外运、德邦类型的专业公司，三一重工、一汽这种制造企业，京东方、中特物资这样的商贸公司。反正挺多的，还有很多小型物流公司。
参考资料：http://zhidao.baidu.com/question/270773176.html