法律分析：用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。因此，船员和用人单位发生劳动争议后，可通过以下四种方式进行解决：自行和解、调解、仲裁、诉讼。（1）自行和解：是指争议双方当事人，在法律允许的范围内，通过商量，相互让步，协调双方的关系，消除矛盾，从而求得争议解决的方法。（2）调解：是由第三者居间调和，通过疏导、说服，促使当事人互谅互让，从而解决纠纷的方法。（3）仲裁：是指由国家授权的专门仲裁机关行使国家仲裁权，对当事人之间的争议依法进行的仲裁。（4）诉讼：是指劳动争议当事人对仲裁机构裁决不服，持劳动争议裁决书依法可向人民法院提起诉讼，要求保护其合法权益的一种劳动争议处理方式。需特别提醒的是，涉及船员的劳务纠纷，可以不经劳动仲裁直接向海事法院提起诉讼。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第七十七条 用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。调解原则适用于仲裁和诉讼程序。
第七十九条 劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
第八十条 在用人单位内，可以设立劳动争议调解委员会。劳动争议调解委员会由职工代表、用人单位代表和工会代表组成。劳动争议调解委员会主任由工会代表担任。劳动争议经调解达成协议的，当事人应当履行。