目前柯南动漫还迟迟没有完结，大家等待结局的日子还有很长的时间。不过故事大致的走向，大家也多少清楚一些。柯南的结局也势必会和黑衣组织的结局有关，而大家所期待的几个主要人物，柯南，小兰，灰原还有阿笠博士以及少年侦探团的未来，他们在恩怨完结之后，又该去向何方？尽管大家对于结局最后的结果有了无数种猜测，然而最让大家接受不了的结局又是什么呢？
柯南除了变幻莫测的侦探推理情节，当然，还有主角们的感情线一直也是大家争论不休的。对于最后谁会和柯南也就是新一在一起，虽然有了官宣的结果，不过，一些支持灰原的粉丝也许依然接受不了。可是最后如果谁都没有和柯南在一起呢，如果小兰和灰原都离开了柯南，这样的结局会不会让人更痛心？
虽然小兰现在还不知道柯南究竟是不是新一，不过，当柯南遇到危险的时候，她始终会奋不顾身的去保护他。而柯南最终还是会卷入与黑衣组织的争斗，如果在这个过程中小兰参与进来，最终因为保护柯南而被黑衣组织杀害。而灰原哀也落入了黑衣组织的手里，并最终为了救柯南选择了牺牲。
故事的最后，黑衣组织虽然被铲除，可是最爱柯南的两个女子却永远离开了他，只剩下柯南孤零零的一个人。他得到了解药，变回了曾经的工藤新一，不能再和步美他们整天待在一起了，不得不开始自己新的生活。相信这样的结局肯定会让不少观众抓狂，原本属于柯南的完美爱情现在变得一无所有。那么有人会给编剧寄刀片吗？
而还有一种结局，黑衣组织势力实在是过于庞大。到最后发现不管是琴酒还是贝尔摩德，甚至是那位幕后boss，只不过是这个庞大组织的一小部分或者是分部。他们正在向全世界实施着惊人的神秘计划。这个计划足以改变全世界，甚至让整个组织控制全世界。而凭借自己的力量想要扳倒他们的柯南，即便在战胜了琴酒他们之后，发现了黑衣组织背后更深的水。这时候一组织也发现了柯南的能力，想要进一步收买他把他拉拢过来，承诺可以给他自己想要的一切。
而此时的柯南禁不住黑衣组织的诱惑，真的选择了加入黑衣组织，用自己的智慧为他们出谋划策。不仅如此，他还抛弃了自己所爱的小兰，甚至将灰原交给了组织。此时的柯南由日本警察的救世主，彻底沦为了黑衣组织的刽子手。相信这样毁三观的结局，很多人同样接受不了，甚至为柯南的这种人渣行为感到彻底愤怒。虽然这两种结局发生的可能性并不大，但是如果它真的作为柯南的结局，肯定会有一大批的观众会因此而觉得无法接受。以此更多的人还是希望柯南能有一个大团圆的结局，让相爱的人能够永远在一起。
二蛋给大家来个结局吧，柯南柯南，南柯一梦
新一吃力地睁开眼睛，却发现自己动弹不得，而且伴随着剧烈的头痛。仰望着天花板，他不知道自己在哪里，甚至差点忘了自己是谁。我是柯南……不对，我是新一。
头脑混乱了好一阵后终于渐渐有些清醒，映入眼帘的微弱余光已足够让他明白，自己是在医院。不久之后，有人来到了床边，手里拿着一本书。新一用力的张开嘴，想叫出“小兰”两个字，却发现根本说不出来，但是对方很快察觉到了异样，一声尖叫之后，伴随着哭声喊了句“新一……”。
一周之后，新一已经能坐在床上，周围围满了人，小兰、阿笠博士、毛利小五郎、妃英里，当然还有爸爸和妈妈。他们谈论着新一昏迷这一年来所发生的各种事情，气氛非常热烈，大家都很高兴，因为新一能醒来可以说是奇迹。谈论最多的当然是小兰这一年来的行为，每天都来到新一床边陪他说话，给他读《福尔摩斯》，大家都说新一能醒来功劳最大的就数小兰了。
突然有人敲病房的门。进来一个胖乎乎的大婶，后面跟着一个戴着黑框眼镜，领口有一个蝴蝶结领带的小男孩。“柯南，等等我！”后面传来一个小女孩的声音，接着又进来几个小朋友。柯南问道:“新一哥哥，你好点了吗？”新一有些愕然，过了一会儿才反应过来，这是亲戚的小孩，以前来家里玩过。新一回答道:“好多了，谢谢你和你的同学来看我。”柯南指着旁边的小孩说:“这是步美，这是小哀，这是光彦还有元太……”
夜晚睡觉之前新一陷入了沉思。一年前和小兰坐云霄飞车的时候发生了事故，小兰受伤比较轻微，而自己则伤到了头部，在昏迷的一年当中，自己做了一个漫长而又奇怪的梦，但梦境又那么真实。现在想想也觉得不可思议，身体变小的药、手表型麻醉针、变声蝴蝶结……一次又一次的发射麻醉针，破不完的命案，似乎陷入了无限的死循环，而现在自己终于醒了。新一终于明白，“柯南”或许应该反过来读——“南柯一梦”。
