微生物实验室常用仪器设备有超净工作台、培养箱、天平、微生物均质器、菌落计数器、微波炉/电炉、高压灭菌锅、移液器、低温冰箱、生物安全柜等。
1、超净工作台
微生物的培养都是在特定培养基中进行无菌培养，那么无菌培养必然需要超净工作台提供一个无菌的工作环境。
2、培养箱
培养箱有多种类型，它的作用在于为微生物的生长提供一个适宜的环境。生化培养箱只能控制温度，可作为一般细菌的平板培养;霉菌培养箱可以控制温度和湿度，可作为霉菌的培养;CO2培养箱适用于厌氧微生物的培养。
3、天平
天平用于精确称量各类试剂。实验室常用的是电子天平，电子天平按照精度不同有不同的级别。
4、微生物均质器
用于从固体样品中提取细菌。用微生物均质器制备微生物检测样本具有样品无污染、无损伤、不升温、不需要灭菌处理，不需洗刷器皿等特点，是微生物实验中使用较为方便的仪器。
5、菌落计数器
菌落计数仪可协助操作者计数菌落数量。通过放大，拍照，计数等方式准确的获取菌落的数量。有些高性能的菌落计数器还可连接电脑完成自动计数的操作。
6、微波炉/电炉
用于溶液的快速加热，微生物固体培养基的加热溶化。
7、高压灭菌锅
微生物学所用到的大部分实验物品、试剂、培养基都应严格消毒灭菌。灭菌锅也有不同大小型号，有些是手动的，有些是全自动的。用户需要根据自己的需要选购。
8、移液器
液体量器用于精密量取各类液体。常见的液体量器有量筒、移液管、微量取液器、刻度试管、烧杯。
9、低温冰箱
冰箱是实验室保存试剂和样品必不可少的仪器。微生物学实验中用到的试剂有些要求是4度保存，有些要求是负20度保存，实验人员一定要看清试剂的保存条件，放置在恰当的温度下保存。
10、生物安全柜
微生物实验中涉及的试剂和样品微生物有些是有毒的，对于操作人员来说伤害较大。为了防止有害悬浮微粒、气溶胶的扩散，可以利用生物安全柜对操作人员、样品及样品间交叉感染和环境提供安全保护。