非淋菌宫颈炎如果不及时治疗，可能会对女性生育能力造成严重影响。一项研究表明，在腹腔镜检查中，大约有30%的女性被发现有衣原体感染，其中衣原体引发的输卵管炎占比高达40%。尤其值得注意的是，孕妇若感染衣原体，流产的风险显著增加，而流产后的女性往往又会引发输卵管炎。
长期而言，衣原体感染的女性可能会面临不孕或宫外孕的风险。许多病例显示，几年后，因衣原体感染而未能怀孕的妇女中，存在输卵管梗阻导致的宫外孕情况。在宫外孕和生育能力低下的群体中，沙眼衣原体抗体阳性的比例高达81%。这强调了及时治疗非淋菌宫颈炎的重要性，以防止这些严重并发症的发生。