电白县交通运输局设有多个内设机构，每个机构均承担特定的职能:
办公室: 协调局内工作，负责起草重要报告和文件，组织会议活动，以及文秘、政务、信息等工作。负责机关设施维修和物资管理，参与交通信息化建设和无线电管理。
人事股: 负责人事管理、机构编制，包括教育培训、劳动工资、党群思想政治工作等。
财务审计股: 负责预算编制、专项资金管理、拨付监督，参与收费政策制定和公路相关管理工作，负责国有资产管理和内部审计。
运输管理股（挂电白县交通战备办公室）: 监管道路运输市场，负责紧急物资运输和区域客运管理，负责道路运输许可和物流市场管理工作，协调多种运输方式衔接，负责交通战备。
规划基建股: 组织交通行业改革，编制发展规划，监督实施交通站场建设和收费项目，负责行业统计和外资管理工作，以及交通基建综合事务。
政策法规股: 负责依法行政和普法教育，审核规范性文件，监督行政执法，处理听证和行政复议等工作。
公交管理股（挂地方铁路股牌子）: 制定城市公共交通规划，监管公共交通行业，负责地方铁路建设和市场监督。
安全监督股（挂交通应急办公室牌子）: 管理交通行业安全生产，负责应急救灾工作，组织安全生产宣传教育，调查处理事故，上报统计。
电白县交通运输局执法监督股（对外挂牌“电白县交通运输局综合行政执法局”): 具体行使公路、水路、路政、超限执法等职责，监督和纠正违法违规行为，负责全县交通行政执法协调和跨区域执法。