法律分析：高中两年没交学费，因家庭条件困难等原因，学校不会高三不会被注销学籍。
法律依据：《中小学生学籍管理办法》
第十九条 学生休学由父母或其他监护人提出书面申请，学校审核同意后，通过电子学籍系统报学籍主管部门登记。复学时，学校应及时办理相关手续。
学生休学期间学校应为其保留学籍。
第二十条 学生到境外就读的，应当凭有效证件到现就读学校办理相关手续。回到境内后仍接受基础教育的，应接续原来的学籍档案。
第二十一条 学生死亡，学校应当凭相关证明在10个工作日内通过电子学籍系统报学籍主管部门注销其学籍。