个人所得税APP数据来源于自行申报及支付方扣缴申报。例如你所说的全年一次性奖金，分为两种计税方式，你可以自由选择任意一种：（1）单独计税，汇算清缴时你无法修改全年一次性奖金金额，此数据来源于支付方扣缴申报数据；（2）合并计税，全年一次性奖金已并入工资薪金计税，你修改全年一次性奖金和工资薪金各自比例毫无意义，因为总额还是一样的。
像你所说的支付单位没有利用好全年一次性奖金，即已经构成事实，且支付单位扣缴申报数据是正确无误的，所以，支付单位是不能，也不会更正申报的。如果支付单位申报错误，则支付单位可以更正申报后，你再办理汇算清缴。