1.从晚更新世之末到全新世之初，华北和长江中下游地区开始开始从狩猎采集向食物生产/农业转型。 在华北转型比较迅速，粟作农业的起源与新石器时代定居社会的产生大致同步，在长江中下游，稻作农业的起源和发展长期伴随着野生食物资源的采集经济——这是各自文明起源的经济基础。在更外围的地区， 如东北、西南、岭南、青藏高原、西北戈壁荒漠 等，生计没有根本性改变，或转型较晚，基本与最早的一批文明无涉。由于二里头是文明社会已得到公认，所以最初的文明很可能可以追溯到更早的新石器时代。而且由于东亚与旧大陆其他文明起源中心相距较远、存在一些地理障碍，而且在约2000BC之前较少见到外来因素影响，所以一般中国新石器研究者均认为，相对于西来说的文明本土起源已成定论。
2.也是从新石器时代开始，才真正在考古学上能够辨认出物质文化的地域性，进而区分考古学文化和谱系关系（某个地区的早晚文化之间往往有某种程度的承袭演进关系、从而不同于其他地区的现象）， 这种文化谱系一经形成，并非一成不变，而是有主有次、有分支也有合流，史前中国就是由许多大大小小的文化谱系交织起来的。 其中与文明起源相关的也基本上是后来早期中国的核心区域，主要包括辽西地区、晋陕高原+河套地区、甘青地区、中原地区（晋南+关中+晋南+豫中西）、黄河下游（山东及附近）、长江下游（江浙地区）、长江中游（两湖地区）、成都平原等。 这样，与传统的历史书写集中于黄河流域或中原中心说不同，考古学展现更多的是中国文化多元性的一面。
在中华文明探源工程中一个突出的难题在于“早期文明”的界定标准问题。在国际考古学界，公认的关于早期文明出现的标志是冶金术、文字和城市的出现。但是，我们在中华文明探源工程的实施过程中，发现这些标准存在明显的理论设计不足。这就迫使我们思考“早期文明”应该如何更加科学地界定。通过科研攻关，我们提出了自己判断早期文明的标准，那就是生产力的发展促使了社会的分工、阶层的分化，然后是权力出现并逐步强化，在考古学研究中主要表现为大型的城市、大型的建筑、高等级的墓葬的出现，以及表明高等级身份的礼器，如玉器、精美青铜器等的出现。在此基础上，早期文明逐渐形成一个具有稳定区域，拥有共同信仰的社会组织系统，出现了将这个区域的军事和宗教祭祀权力于一身的最高统治者——王和服务于王的官僚机构，形成了国家。这种判断早期文明标准是基于马克思辩证唯物主义和历史唯物主义基本原理及中国实际得出的。可以说，考古学术研究特别是中华文明起源研究取得的成功离不开马克思主义的指导。
值得注意的是，良渚文化在形成过程中，除了继承本地淞泽文化的传统外，还吸收了石家河文化、河姆渡文化、大汶口文化、北阴阳文化、凌家滩文化、甚至红山文化的一些文化要素，4300年前，良渚文化衰落，但其文化却幅射到了中原、西北、岭南、巴蜀地区，甘肃广东地区出土的玉器，几乎就是良渚的翻版，良渚人长期使用过的十二节玉琮，后来流落到巴蜀地区，成为了三星堆文化的圣物。良渚也对东亚文明产生了深远影响，因为东亚文明就是以丝绸、玉器、竹木器、稻米、运河、巫术等为特色的。
