太后在对待这件案子的时候，处理的很是暧昧，她只是将这个案件进行刺杀的人正法了，但是对于此人背后明显的势力却没有去追究，所以很多人才会对这个案件疑惑不已，因为就这位太后以往的脾气，她一定会将这位中央大员的死彻查清楚，毕竟打狗还要看主人，而且这条狗主人的势力，很明显是较大的。
要知道，在清朝晚期的时候，虽然慈禧通过多种手段，不仅将中央的权力紧紧的攥在手里，而且还不断去打击地方势力，但就总的来说，地方势力还是有了慢慢抬头的趋势；以曾帅组建的湘军为例，虽然在洪党被除后，为了防止清廷的猜忌和打击，他从自保的角度出发，主动“修剪羽翼”；但不幸的是，曾帅虽然是一个识实务的人，可他的弟弟却不是，据历史记载，曾国荃是一个脾气较为暴躁的人，在他带着自己的军队不顾一切破城杀敌后，在他们通过自己艰辛的努力让这股力量消灭后，换来的不仅没有他们所期望的荣誉，反而却被中央一顿斥责，并在最后瓦解了他们的力量，曾帅能忍，他一定不能忍。也正是因为如此，才有传言说，“刺马案”的背后指使，可能就是此人。
其实，在马大人踏入南京的那一刻，湘军都已经有了心理准备，可这位马大人来到南京后，除了整治湘军的戾气外，还有一个任务，那就是帮助太后搜刮湘军的钱财。因为是曾氏兄弟带兵攻入南京的，而且当时洪党“国库”中的财富则是一个天文数字，但是在湘军上交战利物质的时候，却远远低于了清廷的估算，所以太后当时怀疑，这些地方势力将洪党的钱财私藏了很多，也正是有了这么一定点的怀疑，再加上当时列强的天文赔款、空虚的国库，太后不得不派人去找出这些财宝。
但遗憾的是，强龙终究是压不住地头蛇的，就算这位马大人携带着老太后的尚方宝剑，但终究还是被这些恨他于入骨的人，在大庭广众的下刺死，奇怪的是该刺客在刺杀完马大人后，既不逃窜，也不反抗，而是很坦然的被抓住，并一口咬定想要杀这位马大人的，只有自己一个人，是因为自己的私愤，后来这位凶徒被太后下令凌迟，事情便到此为止，没有了后续的深究。
清末四大奇案之首，“刺马案”险些动摇国本，为何慈禧不敢处置真凶？
太后在处理这个案子时，态度很温和。她只是刺杀这个案子的合适人选，但她并没有调查这个人背后明显的权力，所以很多人会对这个案子感到困惑。由于太后以前脾气暴躁，她将彻查这名中央官员的死因。毕竟，打狗要看狗主人，狗主人的力量显然更大。
我们应该知道，在清末，虽然慈禧不仅紧紧握住中央政府手中的权力，而且通过各种手段不断地攻击地方势力，一般来说，地方势力有缓慢上升的趋势。;以曾帅组建的湘军为例，虽然在洪党被除后，为了防止清廷的猜忌和打击，他从自保的角度出发，主动“修剪羽翼”;但不幸的是，曾帅虽然是一个识实务的人，可他的弟弟却不是，据历史记载，曾国荃是一个脾气较为暴躁的人，在他带着自己的军队不顾一切破城杀敌后，在他们通过自己艰辛的努力让这股力量消灭后，换来的不仅没有他们所期望的荣誉，反而却被中央一顿斥责，并在最后瓦解了他们的力量，曾帅能忍，他一定不能忍。也正是因为如此，才有传言说，“刺马案”的背后指使，可能就是此人。
事实上，在马大人踏进南京的那一刻，湘军已经做好了心理准备。然而，这位马大人来到南京后，除了整顿湘军的残暴外，还有一项任务。那是为了帮助太后掠夺湘军的钱财。因为是曾氏兄弟带兵进入南京，当时，洪党“国库”里的财富是一个天文数字，但湘军为物质利益而战时，却远远低于清政府的估计。因此，太后当时怀疑这些地方势力隐藏了洪当的大量金钱和财富。正是有了这样一个固定的疑点，再加上当时天价赔偿和国库空虚的权力，太后不得不派人去寻找这些宝藏。
但可惜的是，强龙毕竟挡不住当地的蛇。即使马大人拿着太后的御剑，他仍然被仇恨他的人刺死。奇怪的是，刺客在杀了马大人之后，既没有逃跑也没有反抗，而是因为个人的愤怒，被人冷静而坚定地抓住要杀他，有一个人是他自己的。后来，杀人犯被太后下令推迟。到目前为止，还没有进一步的调查。