刑事案件分二种：（1）公诉案件；（2）自诉案件。整个刑事诉讼程序或阶段又大致分为：立案、侦查、起诉、审判等几个阶段。在不同阶段对刑事被告人不在案的情形，有不同的处理方式；
1、人民检察院对移送起诉案件的受理阶段（《高检规则》）
人民检察院对于公安机关移送审查起诉的案件，应当进行审查，如果发现犯罪嫌疑人在逃，应当要求公安机关在采取必要措施保证犯罪嫌疑人到案后移送审查起诉。即将案件退回公安机关。
共同犯罪的部分犯罪嫌疑人在逃的，应当要求公安机关在采取必要措施保证在逃的犯罪嫌疑人到案后另案移送审查起诉，对在案的犯罪嫌疑人的审查起诉应当照常进行。即分别予以处理。
2、审查起诉的过程中《高检规则》）
在审查起诉过程中，犯罪嫌疑人潜逃的，人民检察院可以中止审查。
共同犯罪中的部分犯罪嫌疑人潜逃的，对潜逃犯罪嫌疑人可以中止审查；对其他犯罪嫌疑人的审查起诉应当照常进行。
3、人民法院庭前审查阶段（《高法解释》）
人民法院对人民检察院提起公诉的案件，应当进行审查，对于被告人不在案的，应当决定退回人民检察院。
人民法院对于自诉案件，经审查发现被告人下落不明的，应当说服自诉人撤回起诉，或者裁定驳回起诉。
4、人民法院审判过程中（《高法解释》）
公诉案件起诉到人民法院后被告人脱逃，致使案件在较长时间内无法继续审理的，人民法院应当裁定中止审理。
在自诉案件审理过程中，被告人下落不明的，应当中止审理。被告人归案后，应当恢复审理，必要时，应当对被告人依法采取强制措施。
5、被告人不在案，如果是为了逃避法律制裁的，不受追诉时效的限制。
根据我国刑法第八十七条规定：犯罪经过下列期限不再追诉：
(一)法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；
(二)法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；
(三)法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；
(四)法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
第八十八条规定：在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。
被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，不受追诉期限的限制。