（一）HL1之前（包括训练任务）
1、黑山基地的科研项目
在黑山事件之前，黑山基地研发了“时空传送”技术，并利用该技术发现了另一个空间——Xen空间的存在。科学家们注意到，在Xen空间有许多奇异的现象与事物，还发现了Xen上有外星生物活动与特殊矿物，于是，黑山基地把大量勘探队通过时空传送送往Xen，以收集各种生物与水晶矿物样本，这些生物样本，都被送到了黑山基地的生物实验室进行研究，而水晶矿物样本则由异常材料实验室进行研究。其中，黑山基地从获得的水晶矿物样本中，挑选了一个纯度极高的样本（样本可能由gman提供），准备利用异常材料实验室的反质子光谱仪进行分析。
2、戈登·弗里曼受聘
戈登·弗里曼，《半条命》剧情的主角，是一名理论物理学家，曾获得麻省理工学院哲学博士学位，艾撒克·克莱纳曾是他的导师。从麻省理工学院毕业后，戈登来到了奥地利的因斯布鲁克大学继续学习。此时，克莱纳已经转到黑山基地工作，并通过黑山基地的人才推荐机构，推荐聘请戈登为新雇员，在200X年5月，给戈登寄去一封聘用信。随后不久，戈登就到了黑山基地参加工作。
戈登的工作地点就是黑山基地C区的异常材料实验室。在参与正式工作前，他接受了HEV IV（罗马数字4）型防护衣的使用训练，这样，戈登就成了分析高纯度水晶样本分析实验的操作员。
（二）HL1
1、串联共振
3月16日，是黑山基地进行水晶样本分析的实验日期。这天早晨，C区的电脑系统发生了故障，再加上戈登的迟到，所以，实验被沿后了半个小时。
戈登在到达C区实验与控制室时，事实上样本还没有送到实验室。他在取得HEV防护衣后，从其他的科学人员那里得知，实验仪器的数据有异常波动，而且这些实验仪器本来不是用来做这项实验的，但科学家们忽略了这些细节，因为管理阶层希望早一些获得实验数据，所以科学家们不得不继续进行了这项不负责任的实验。有科学家在实验开始前，曾经想到了串联共振的可能性，并且gman也对实验员伊莱·凡斯做了暗示，不过这些都没能阻止实验的进行。
当戈登把样本推入光谱仪的一刹那，串联共振现象发生了，在地球与Xen之间，生成了一个巨大的时空裂缝，使得大量来自Xen的有机物质进入黑山基地。同时，导致了黑山基地的部分设施发生了严重的爆炸与坍塌。C区与B区率先与其他地段失去联系。
黑山的管理办公室起初并没有意识到事件的严重性，当共振现象逐步扩展到D区时，管理办公室才组织了撤退，并向外界发出了求救信号。
戈登在灾难发生时，被传送到了Xen，所以幸免于难。他从伊莱那里得到帮助，伊莱告诉他让他马上到地面。
2、军队的介入与外星军队的入侵
政府派出了军队进入黑山，执行所谓的“遏制政策”，即杀死一切活物，对于此次事故的主要人员，则是以逮捕代替灭口。戈登便在逮捕名单之中。此次军事行动代号为KIL。
军队进入黑山后，迅速控制了黑山基地的地面设施与广播系统，各搜索部队也开始向地下渗入，执行封锁与屠杀任务。戈登首先在D区的材料储存所，与军队发生冲突。戈登曾一度到达过地面，但由于军队的空降行动，又转入地下，一名科学家告诉戈登，如今只有F区的λ科学小组能够解决这事件。戈登只能通过火箭测试室下方的E区铁路系统，才能到达λ要塞。
军方已经控制了E区的铁路系统，但由于Xen生物的骚扰，使得部分阵地被放弃，让戈登钻了空子。军方也已经下达正式命令，允许对弗里曼使用武力。
戈登在E区，发射了一枚火箭，将λ小组的卫星送上了天。这颗卫星不仅使λ小组观察到了戈登的进展情况，同时还为开启地球与Xen之间的传送门做好了准备。在离开发射中心途中，戈登被两名士兵抓获，由于士兵擅自处理了戈登，结果让戈登逃跑了，进入了旧工业区，由旧工业区进入到生物实验室。
这时，来自Xen的军队开始了对黑山基地的入侵，大量异形军队通过尼赫伦斯的传送门到达地球，军方一下子就陷入了混乱。戈登则再次利用军方的混乱，直接从地面进入了λ要塞。由于λ要塞已经被科学家完全封死，加上要塞内部的“异次元封锁系统”，军队与Xen军队都未能进入。
军队很快就无法继续控制黑山的状况了，最后，只能撤退，而且是慌忙的撤退，把许多士兵丢在了黑山。戈登到达λ要塞之际，也正是军队撤退之时。
3、尼赫伦斯之死
戈登到达λ后，λ要塞的封锁系统发生了故障，Xen军队得以传送进入了λ要塞。戈登在开启λ要塞的主反应炉的水泵后，突破了异形的堵截，到达了反应炉顶端，这里曾经是第一观测小组的供应储藏室。
λ小组建议戈登通过他们的传送仪去Xen，因为λ小组已经侦测到Xen军队入侵所使用的传送门是由一个生命体创造的，也就是Xen的首领——尼赫伦斯，戈登只有杀掉它，才能挽救这场灾难。
就这样，戈登被送到了Xen，最后，杀掉了尼赫伦斯，解放了弗地冈种族。
在结尾，gman终于与戈登面对面的交谈了。并要求戈登为他工作，要么就面对一场“永远打不赢的战争”。戈登为了保命，迫不得已的接受了G-man的要求。HL1的故事也就结束了。
我们相信g-man是用一种活体冷冻技术将戈登保护了起来，于是戈登进入了沉睡。
（三）HL1与HL2的过度
HL1与HL2之间的过度，时间接近20年。
1、文明陷落
在黑山事件之后，Xen生物仍在继续曼延，迅速扩张到全世界，给人类带来了混乱。
而真正让人类文明陷落的不是Xen生物，而是一个来自其他空间的星际联盟——Combine。由于某种原因，Combine发现了地球，并开始策划进攻地球，准备将地球沦为殖民地，人类沦为奴隶。在联合军的精心准备之后，一场大战爆发了。
Combine对地球发动了进攻，战争仅仅持续了7个小时，人类就遭到了惨败，布林劝告人类尽快投降，以防遭到灭种的危险。结果，联合军(Combine军队）仅仅用了7个小时，就占领了地球。布林则成为了联合军的傀儡，负责“管理”地球。
哪里有压迫，哪里就有反抗，人类并不会轻易地就接受来自另一个物种的奴役。人类自发组织了反抗军，与联合军对抗，伊莱与克莱纳等黑山事件幸存的科学家便是反抗军的领导力量，弗地冈也不满联合军的统治，做为有理智的生命，他们与人类结盟，共同反抗联合军的暴政。
2、Combine的统治
联合军在控制地球后，开始了一系列殖民措施。
他们首先将人类的城市重新命名为1号城、2号城……在HL2时期，17号城被设立为首都，联合军的大本营就在这里。为了集中人类的生存据点，联合军在各大城市周围布置了防线，防止Xen生物侵入城市，外界则任凭Xen生物泛滥，这样，大多数人都主动选择了到城市居住，外界则成了Xen生物与反抗军的空间。
联合军还设置了“生殖抑制力场”，使得人类无法生育，剥夺生育权，让人类慢慢的灭绝；他们在人类的饮用水中加入了某种特殊物质，让人类的记忆逐渐消退，有利于人类服从联合军；同时，人类的居住地必须由联合军决定，被来回不断地迁徙，无法定居；反抗联合军的人，被捕后有可能被联合军改造为幽灵，为联合军服务；布林通过各种媒体向人类灌输顺从的思想……为了最大限度的吸收人类成员，联合军组建了一个警察组织——国民护卫队，他们全由人类中的“叛徒”组成，参与者可以得到好的食物，满足性的需求，这样，大量人类都加入了进来，为联合军效力。国民护卫队成了联合军施行恐怖镇压的一个有效手段。
联合军还改造了猎头蟹用于清剿反抗军。他们使被寄生的僵尸无法进食，而且寄主死后猎头蟹可以脱离并寻找新的寄宿体。向反抗军的聚集地大量倾泻猎头蟹炮弹后，可使当地的人全都变成僵尸或被僵尸杀死。而僵尸由于无法进食，会慢慢的饿死。
联合军的军队又称装甲核心部队，装甲核心的部队分类很多，在这不作详细介绍。
（四）HL2
1、英雄归来
Gman再次唤醒了戈登，让戈登挽救被Combine践踏的人类文明。
戈登被送到17号城的火车站，在那里遇到了他曾经在黑山的朋友巴尼——现在在国民护卫队做反抗军的卧底。巴尼让戈登去克莱纳的实验室。路上，联合军搜查正在戈登所在街区，是爱丽克斯，也就是伊莱的女儿救了戈登。这样，克莱纳、爱丽克斯、巴尼与戈登四个人就聚在了一起，戈登在这里得到了他的新衣服——由克莱纳改进成的HEV V（是罗马数字5，并不是V）型防护衣。正好当天克莱纳与爱丽克斯完成了时空传送机的装配，他们决定利用这个传送机把爱丽克斯与戈登送到伊莱的实验室，结果，在传送戈登时，传送机发生了故障，联合军发现了戈登，戈登不得不徒步沿着运河走到伊莱的实验室了。
联合军发现戈登后，立刻派出了大量部队，整个城堡也处于了戒严状态，由于戈登在铁路沿线出现，所以，全市的国民护卫队几乎都被派到了铁路与运河，随时准备逮住戈登，此处的许多反抗军地下站也被联合军趁机清除掉了。
国民护卫队并没有能阻止戈登，相反，受到了重创。戈登在反抗军的帮助下，弄到了一条汽船。戈登开着汽船，通过了联合军设置的数个关卡，最后到达了坐落于旧水利厂附近的伊莱的实验室——黑山基地东区。在这里他遇到了伊莱、爱丽克斯与莫斯曼。
在黑山东区，戈登获得了重力枪。正当戈登练习使用重力枪时，联合军对这里发动了突然袭击，由于隧道被堵死，戈登不得不一个人前往已经被僵尸控制的矿场——莱温霍姆。在当地的格里高利神父的帮助下，戈登逃出了莱温霍姆，与外界的反抗军取得了联系。
2、反抗
从莱温霍姆出来的戈登，在码头帮助驻守的反抗军与正规部队展开了交火（由于事态不断严重，所以此时联合军已经出动正规部队）。在反抗军的帮助下，利用无线电与爱丽克斯通了话，德知伊莱已经被捕，关押在大型监狱——诺瓦矿场里。爱丽克斯建议戈登走海滨公路到达诺瓦矿场，爱丽克斯自己利用联合军的火车进入，两人约定在诺瓦矿场里碰面。
戈登驾驶着反抗军提供的侦察车穿过了沙滩，上了17号公路。联合军正规军在路上设置了许多关卡拦截戈登，但都失败了。
等他们到了克莱纳那里，已经过去了一周，虽然他们自己感觉不出来。
在这一周里，反抗军为救出已经转移至城堡的伊莱，发动了起义，17号城已经陷入了战火之中，反抗军在竭力向城堡扑去。爱丽克斯与戈登也加入了战斗的行列。在巷战中，爱丽克斯不幸被捕。
戈登首先穿过了数个街区，与巴尼会合，然后帮助巴尼，关掉了联合军的装甲核心大楼的抑制设备，让更多的反抗军通过前往城堡的街区，最后，戈登在阿狗的帮助下，进入了城堡。
3、布林之死
戈登进入城堡不久，就被联合军发现，联合军的武器没收系统没收了戈登的所有武器，但重力枪却被改造成了威力更加强大的武器。戈登使用新的重力枪，横冲直撞，最后到达了一个吊舱中继站。弗里曼明白，在这个偌大的城堡里，想要徒步找到布林真是难上加难，如果想在布林处决伊莱和爱丽克斯之前解决布林，那就只有把自己变成囚犯，让布林主动把他带到自己的办公室，然后再想办法。尽管这样做很危险，而且变数很多，但目前只有这一种方法。于是他毅然选择进入吊舱，被联合军发现被带到了布林的办公室。
在这里，戈登见到了布林、莫斯曼以及被关在吊舱中的伊莱与爱丽克斯，布林要将爱丽克斯与伊莱通过传送门送到联合军的世界，就在这时，莫斯曼由于对伊莱的感情而背叛了布林，布林一慌，不小心用重力枪打下了关着戈登等人的吊舱，但他没想到重力枪竟有那么大的能量，竟破坏了吊舱，无可奈何他只能丢下重力枪逃跑了，他打算用传送门逃到联合军那边。
爱丽克斯与戈登去追布林，戈登用重力枪摧毁了城堡顶端的的暗能反应堆，城堡顶部发生了爆炸，布林的传送平台失去牵引力，从城堡顶部掉下去摔死了。就在大爆炸的瞬间，时间定格了，gman再次出现，对戈登做了简短评价后消失了。
(六)EP1 & EP2
1、摧毁城堡（EP1）
在 EP1的开头，城堡爆炸的时候，gman正打算把戈登再次“冷冻”以便他以后使用时，弗地冈人意外的闯入了他们之间的空间，并“说服”戈登背离了 gman，然后，在定格的时间中，救出了大爆炸中的爱丽克斯与戈登。（由于开发公司在开发HL2时，并没有打算开发劫后余生也就是EP1，所以剧情衔接在这里有个小小的误差）当戈登苏醒时，他被阿狗从废墟中挖了出来，并获得了重力枪，与爱丽克斯再次相聚（爱丽克斯与戈登还来了个美好的拥抱~ ）。
爱丽克斯与戈登与克莱纳等人取得了联系，获得了相关信息后，再次潜入了城堡，关闭了核心，以便取得更多时间来疏散市民。并将联合军准备传送的数据全都拷贝了出来，这导致联合军派出大量部队追捕爱丽克斯与戈登。
爱丽克斯与戈登本想利用城堡中的地下火车，直接逃出城市，不用像其他平民那样徒步逃离。但中途铁轨遭到破坏，火车报废，也就是说，两人不仅要徒步逃离，还要从不知多深的地下先返回地面（偷鸡不成蚀把米）。于是，两人逃入了C17的地下停车场，这里已经被僵尸所控制，而且，由于戈登在HL2时期的破坏，联合军在C17周围的防线已经崩溃，大量蚁狮进入了C17以及C17的地下停车场，为爱丽克斯与戈登的逃跑增添了困难。
不过，他们两个还是逃出了停车场，到达了地面，并与巴尼等人回合。他们希望能够将更多的市民疏散出去。联合军则在医院、火车站周围的街区部署了大量军队，阻止反抗军的计划。联合军中残余的国民护卫队成员也加入了阻截弗里曼的行动。
联合军的计划失败了，爱丽克斯与戈登不仅自己逃出了C17，而且还帮助其他许多反抗军成员与市民逃出了C17，巴尼也逃走了。不过，C17内还是有许多不听信克莱纳的人留了下来。
正当爱丽克斯与戈登乘火车逃出C17时，城堡爆炸了。城堡上空形成了一个巨大的传送门，数据都被传送了出去，联合军探员也利用飞船朝着四面八方发射了出去。
2、阻止入侵（EP2）
城堡爆炸后，C17被完全摧毁，可以说地球上的联合军已经孤立无援，然而，城堡爆炸前发射出去的数据致使地球上的联合军与联合军高层世界取得了联系，城堡废墟上再次形成了一个巨大的超级传送门的雏形，传送门一旦形成，联合军便可再发动一次入侵战争。
爱丽克斯与戈登所乘坐的火车在爆炸中翻车，不过两个人都活了下来。他们俩利用废弃的电台同白森林方面取得联系，然后决定去白森林把拷贝出来的数据交给克莱纳等人，然后利用数据关闭联合军的传送门。联合军方面则一刻也没有放弃搜索他们，联合军在C17周边的剩余部队已经开始集结，准备夺回他们的数据。
在去白森林的路上，爱丽克斯被一只联合军的捕食者击伤，并被弗地冈救起，送到了在地下坑洞的反抗军据点。戈登与一名弗地冈潜入了蚁狮洞的深处，得到了蚁狮卵的萃取物，然后救了爱丽克斯一命。这时，gman再次闯入了弗里曼的世界，以命令的口吻逼迫戈登要把爱丽克斯安全的护送到白森林，然后让爱丽克斯向伊莱传话：“准备接受出乎意料的结果”。
爱丽克斯醒来后，与戈登、一名弗地冈一起在旧的化工厂里，找到了一辆车，随后爱丽克斯与戈登便利用这辆车踏上了前往白森林的路。
路上，他们破坏了一只联合军探员卵的维生系统，联合军探员逃跑了，不过却引来了联合军的重兵，他们击溃了联合军的围堵，来到了一个反抗军据点，反抗军的战友们帮助他们维修了刚刚在交战中破损的车。
之后，爱丽克斯与戈登的车还遭遇到过联合军的埋伏，不过联合军都未得逞。
最终，爱丽克斯与戈登到达了白森林的火箭基地，此时2号发射井发生了故障，马格奴森博士要弗里曼来解决，没想到故障的原因竟是联合军的破坏。联合军的军队发现了火箭基地的位置，并把兵力从2号发射井空降至基地内部，戈登及时来到了2号发射井的控制室，关闭了井门。
随后，伊莱、爱丽克斯、克莱纳与戈登破译了带回来的数据，看到莫斯曼在北极发现了光圈科技的遗迹——“北极光号”研究船，莫斯曼的生死未卜。克莱纳决定利用 “光圈科技”的强大力量来对付联合军，但伊莱坚决反对。爱丽克斯在向伊莱传递了gman的话后，伊莱差点晕了过去，并一再警告戈登，一定要摧毁那艘船。
此时，联合军准备利用三脚机甲部队摧毁马格奴森的火箭，戈登在马格奴森的指导下，学会了使用马格奴森装置——一种对付三脚机甲的黏性炸弹，然后，戈登歼灭了联合军的进攻部队，保住了马格奴森的火箭。克莱纳等人将数据打包进了火箭中的卫星中，然后发射了出去，联合军的传送门立刻崩溃了。
接下来，爱丽克斯与戈登决定乘直升机去北极圈寻找莫斯曼，伊莱在他们临走前被一只联合军探员所杀，幸亏阿狗的出现，救了爱丽克斯与戈登，但爱丽克斯失去了她的父亲......
ps:至于gman，去
http://baike.baidu.com/view/1262071.htm看看，很详细！