在这个虚构的故事里，电影假托尼采以及以之同时代的维也纳心理学家兼医生布雷尔、弗洛伊德之口述说了一个关于心理学治疗的典型案例。电影故事由一明一暗两条叙事线索共同推进。明线是尼采因为失恋陷入孤独绝望进而企图自杀，其女友莎乐美瞒着尼采请求维也纳最着名的医生布雷尔为其进行治疗，在这个过程中，暗线得以浮出水面，布雷尔医生由于和自己的病人之间的感情纠葛，其实也已陷入不能自拔的精神困境。于是，两个病人相遇，展开了一场扣人心弦、精彩纷呈的精神救赎行动。
尼采的自杀企图是源自于孤独和绝望，而这孤独和绝望的表面原因是因为失恋，其实不然，尼采的孤独和绝望源自于世人对他的不了解，他对自己的学说是很自信的，然而在讲演中屡遭打击，其着作在社会上发行量亦甚少。他自己的作品中所叙述的那个来来得过早的预言家查拉图斯特拉就是尼采本人的自述。在这个时候，突然闯入尼采世界的俄罗斯女郎莎乐美对尼采学说赞赏有加，两人的关系进入暧昧，这关系有如说是恋爱还不如说是单纯的崇拜和被崇拜关系。由于尼采对这场暧昧判断失误，导致了关系的破裂。这让尼采原本存在的孤独和绝望显示了出来，尼采虽然声称孤独是天才的禀赋，然而却无力消受，他用各种学说原理武装自己，甚至在与医生布雷尔的辩论中咄咄逼人，不愿意承认也不愿意与人分担，把自己的内心像中世纪骑士一样用盔甲保护起来。为了赢得尼采的信任，布雷尔医生在自己学生弗洛伊德的建议下，布雷尔向尼采袒露了自己的精神危机。两个男人之间最后抛下了巨大的心理障碍，把自己的精神危机晒在了太阳底下。也正如布雷尔医生所说，孤独只存在于孤独之中，一旦分担，它就蒸发了。哲学家尼采和布雷尔医生都战胜了自己心灵深处的精神危机，重新走向新的生活。
影片中布雷尔医生和尼采看似主角，然而其叙事背景里的莎乐美女士和年轻的弗洛伊德却大有喧宾夺主的意思。莎乐美女士是整场危机的引爆人，而进进出现在交际场合的弗洛伊德却是战胜危机的幕后主谋。同时也是叙事的推动者，推动了情节向着目标一步步向前发展，在弗洛伊德的建议下，布雷尔医生成功帮助了尼采，故事在弗洛伊德精彩的催眠术中达到高潮，最终让两人摆脱幻想，回归现实。弗洛伊德的学说在电影中的弗洛伊德还在年轻时即已初见端倪，其中电影关于布雷尔医生的几个梦境的运用就是证明，梦是愿望的满足，是对现实的反映。尼采不愿意承认其孤独，其作为一个哲学家也有强大的理论支持自己愿意孤独的行为，但却无法拒绝孤独和绝望在其潜意识里歇斯底里爆发。《当尼采的哭泣》展示了精神分析学说的胜利，人类最不可捉摸的精神世界里的孤独绝望在精神分析的抽丝剥茧下露出了可以捉摸的一面。
最后，电影的时空背景定格在19世纪中后期美丽的人文艺术的大都会维也纳，其古典的人文气息也为电影增添不少美丽的色彩。
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