法律分析：扣底薪是否违法得看用人单位是否有违规扣员工底薪。单位可以在员工底薪代扣个人所得税、社保、法院规定的抚养费和法律规定要扣的费用。这些行为扣底薪行为是合法的。但是单位如果打着做慈善旗号、在孕妇体检期间、在职工请事假期间克扣三倍工资、员工上班迟到和员工辞职克扣工资，这些扣底薪行为就是违法的。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第八十一条 劳动争议仲裁委员会由劳动行政部门代表、同级工会代表、用人单位方面的代表组成。劳动争议仲裁委员会主任由劳动行政部门代表担任。
第八十二条 提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起六十日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。仲裁裁决一般应在收到仲裁申请的六十日内作出。对仲裁裁决无异议的，当事人必须履行。