1、建立的单位不同。
medline：美国国立医学图书馆(The National Library of Medicine, 简称NLM)生产的国际性综合生物医学信息书目数据库，是当前国际上最权威的生物医学文献数据库。
sci：美国《科学引文索引》（Science Citation Index, 简称 SCI ）于1957 年由美国科学信息研究所（Institute for Scientific Information, 简称 ISI）在美国费城创办，是由美国科学信息研究所（ISI）1961 年创办出版的引文数据库。
2、主要的涉及的种类领域不同。
medline：最权威的生物医学文献数据库。
sci：科学统计与科学评价的主要检索工具。
查找SCI数据库收录情况主要使用web of science系统进行查找，medline主要使用MEDLINE光盘检索系统检索。两个涉及领域不同，权威性无法比较。
扩展资料：
科学引文索引以布拉德福(S. C. Bradford)文献离散律理论、以加菲尔德(E. Garfield)引文分析理论为主要基础，通过论文的被引用频次等的统计，对学术期刊和科研成果进行多方位的评价研究，从而评判一个国家或地区、科研单位、个人的科研产出绩效，来反映其在国际上的学术水平。因此，SCI是目前国际上被公认的最具权威的科技文献检索工具。
科学引文索引以其独特的引证途径和综合全面的科学数据，通过统计大量的引文，然后得出某期刊某论文在某学科内的影响因子、被引频次、即时指数等量化指标来对期刊、论文等进行排行。
被引频次高，说明该论文在它所研究的领域里产生了巨大的影响，被国际同行重视，学术水平高。由于SCI收录的论文主要是自然科学的基础研究领域，所以SCI指标主要适用于评价基础研究的成果，而基础研究的主要成果的表现形式是学术论文。所以，如何评价基础研究成果也就常常简化为如何评价论文所承载的内容对科学知识进展的影响。