麦克阿瑟制订了代号为“雷诺”的菲律宾战役计划。该计划将棉兰老岛选为首要战术目标，进攻部队将从新几内亚的基地出发，在第3舰队的全力支持下，预定于11月15日在棉兰老岛南部上陆，12月20日在莱特湾获得最初的立足点。此前，为获取前进基地，麦克阿瑟和尼米兹将于9月15日分别派部队夺占菲律宾群岛外围的摩罗泰和佩莱利乌岛。
为支援摩罗泰—佩莱利乌岛的作战行动，9月6日，哈尔西率领第3舰队的航空母舰攻击了雅浦岛、乌利亚岛和帛硫群岛，旨在孤立这些岛屿上及其附近的日军基地，削弱日军防御力量。9月9日、10日，哈尔西的舰载机又空袭了棉兰老岛，作战中意外发现日军的空中防御十分薄弱，几乎没有日机迎战，同时还证明此前由新几内亚机场出发的盟军岸基轰炸机已严重破坏了日军的空军设施。9月12日、13日，哈尔西的航空母舰编队袭击了比萨扬群岛，日本空军再一次表现出惊人的软弱无力。这一发现使哈尔西异常兴奋，他向尼米兹和麦克阿瑟建议，取消在棉兰老岛和雅浦岛这一中间阶段的登陆作战，而直接攻占莱特岛。尼米兹和麦克阿瑟立即同意了哈尔西的这一新建议，并提交正在魁北克开会的美参谋长联席会议讨论。很快，参谋长联席会议回电，同意直接攻打莱特岛的新作战计划，并指示尼米兹在战役期间将其第3两栖编队和第24军暂归麦克阿瑟指挥，登陆作战的日期由原定的12月20日提前到10月20日，比原计划整整提前了2个月。