1、管理不同：公房是指政府和单位分配给职工和解放时收归国有，并且租金按照政府规定的租金标准执行的居住房屋。公房分为国家所有的房屋与集体所有的房屋。在我国，集体所有的房屋租赁的情况不是很多，这类房屋租赁由集体经济组织自行管理。
2、部门不同：按管理部门的不同，国家所有房屋租赁又分为直管公房（统管公房）租赁和自管公房（非统管公房）租赁，前者指由政府房产管理部门直接管理的公房的租赁，后者指由机关事业单位、社会团体、国有企业单位自行管理的公房的租赁。其中，国有住房租赁占较大比重。
3、手续办理不同：公房出租人应当在承租人要求办理受配房屋或者承租权转让、交换、租赁户名变更手续后15日内发放《租用公房凭证》。承租人凭《租用公房凭证》向房屋所在地的派出所办理户籍手续。
公房转租，由租赁当事人到房屋所在地的区、县房地产交易中心办理租赁合同登记备案手续，并提交以下书面材料：租用公房凭证，转租合同以及租赁当事人的身份证明。将公房转租给外来流动人员的，还应提交（房屋租赁治安许可证）。公房出租人不得收取房屋租赁保证金。
参考资料来源：百度百科-自管公房
参考资料来源：百度百科-公有住房
自管公房和公有住房的区别如下：
1、服务对象不同
自管公房适用于个人和家庭的日常消费支付与转账。客户可以通过个人网上银行服务，完成实时查询、转账、网上支付和汇款功能。个人网上银行服务的出现，标志着银行的业务触角直接伸展到个人客户的家庭PC桌面上．方便使用，真正体现了家庭银行的风采。
公有住房针对企业与政府部门等企事业客户。企事业组织可以通过企业网上银行服务实时了解企业财务运作情况，及时在组织内部调配资金，轻松处理大批量的网上支付和工资发放业务，并可处理信用证相关业务。
2、工作内容不同
自管公房主要制定、修改关于权限和职能责任的组织结构，建立双轨的、相互的、纵向及横向的信息交流系统。预测对于工作人员的需求，做出人员投入计划，并对所需要的管理政策和计划做出预先设想。
人员的配备和使用：即按照工作需要，对工作人员进行录用、调配、考核、奖惩、安置等。帮助工作人员不断提高个人工作能力，进行任职前培训和在职培训。
而公有住房主要根据按劳分配的原则，做好工作人员的工资定级、升级和各种保险福利工作。通过各种教育方式，提高工作人员的思想政治觉悟，激励工作人员的积极性、创造性。对工作情况和程序进行总结、评价，以便改进管理工作。
3、包括的范围不同
自管公房包括：行政管理和技术人员，材料采购、保管和驾驶各种机械、车辆的人员，材料到达工地仓库前的搬运装卸工人，专职工会人员、医务人员以及其他由施工管理费或营业外支出开支的人员的工资。
而公有住房包含：个人从事设计、装潢、安装、制图化验、测试、医疗、法律、会计、咨询、讲学、新闻、广播、翻译、审计、书画、雕刻、影视、录音、录像、演出、表演、广告、展览、技术服务、介绍服务、经纪服务、代办服务以及其他劳务取得的所得。
4、计算方法不同
自管公房计算公式为：
经营净收入=经营收入-经营费用-生产性固定资产折旧-生产税+
出租房屋净收入、出租其他资产净收入和自有住房折算净租金等。财产净收入不包括转让资产所有权的溢价所得。
转移净收入 计算公式为：转移净收入=转移性收入-转移性支出
而公有住房计算公式表示为：人均可支配收入实际增长率= （报告期人均可支配收入/基期人均可支配收入）/居民消费价格指数-100%。
参考资料来源：百度百科-自管公房
本回答被网友采纳二、自管公房是指全民所有制和集体所有制等单位所有的住房，俗称企业产。
三、直管公有住房，指由政府接管，国家出租、收购、新建、扩建的住房，大多数由政府房地产管理部门直接管理出租、修缮，少部分免租给单位使用的住房。
四、公房和商品房的售房机制不同，所以购买房改出售的公房和房地产市场上购买的商品房是有很大区别的。具体表现在以下几个方面：
1、购买公房的对象是有限制的，但在市场上购置商品住房的对象基本上是不受限制的。购买房改出售的公有住房的人只能是承住独用成套公有住房的居工攻符合分配住房条件的职工。而在房地产市场上购买商品住房的消费者基本上是不受任何限制的，只要有住房消费的需求，又有足够的资金，就可以任意选购商品住房。
2、房改售房的公房价格是受政府控制的，而市场上商品住房的价格是由市场供求关系所决定的。
3、国家对职工购买房改公房的面积有所控制，但职工到市场上购买商品住房时，在面积上是没有限制的。对购买公有住房的面积有一定的限制，且购房的数量必须严格按照国家和各人民政府规定的分配住房的控制标准执行，超过标准部分一律执行市场价。
4、国家对职工购买房改公房制定了一系列的优惠政策，但购买市场上的商品房，则没有政府的优惠政策。
5、购买公房后上市出售的收入分配是有限制的，而购买商品房则拥有完全产权，上市出售归个人所有。公房上市的收入分配各地规定差异很大，但总的原则是要给国家上缴一部分土地收入。