公安来管
第六条国务院公安部门和省级人民政府公安机关，是境外非政府组织在中国境内开展活动的登记管理机关。
国务院有关部门和单位、省级人民政府有关部门和单位，是境外非政府组织在中国境内开展活动的相应业务主管单位。
境外非政府组织在中国境内开展活动，应当依法登记设立代表机构；未登记设立代表机构需要在中国境内开展临时活动的，应当依法备案。
其实中方跟您合作的中方合作单位需要提前十五天提交如下材料（除了是赈灾、救援的紧急情况）：
（一）境外非政府组织合法成立的证明文件、材料；
（二）境外非政府组织与中方合作单位的书面协议；
（三）临时活动的名称、宗旨、地域和期限等相关材料；
（四）项目经费、资金来源证明材料及中方合作单位的银行账户；
（五）中方合作单位获得批准的文件；
（六）法律、行政法规规定的其他文件、材料。
开展临时活动的境外非政府组织应当通过中方合作单位的银行账户管理用于中国境内的资金，实行单独记账，专款专用。
要点四、境外非政府组织代表机构名称的确定
境外非政府组织代表机构的名称应当依次由“境外非政府组织名称”、“驻在地名称”、“代表处（或办事处、联络处等）”组成。
应该是按照社会组织管理，由民政局负责，可以打电话或直接上门去咨询注册登记事宜，一个城市不行的话就换个城市，各地政策可能不同。
西方非营利组织的历史渊源：
非营利组织作为一种主要的社会力量，在世界范围内的兴起主要是在20世纪最后二十年里。但是作为社会组织的基本形式之一，其存在历史至少和近代资本主义一样悠久。
在近代资本主义产生以前，基督教组织在救济穷人、帮助病者、关照老人儿童等公益事业中扮演着重要的角色，至中世纪时期，基于基督教会发展起来的慈善事业已经影响广泛。 文艺复兴与宗教改革以后，许多慈善机构脱离了教会的管理和控制，转入世俗社会，同时脱离教会支持的慈善机构不得不重新考虑资金运作机制，私人慈善逐渐发展。
17世纪后叶到18世纪，随着资本主义的产生和发展，个人自由的经济空间和社会自治的要求不断增长，作为“国家”政治秩序之外的公民自组织的经济、社会生活秩序逐渐显现。这些独立于宗教、国家秩序的公民志愿组织即今天非营利组织的雏形。
本回答被网友采纳不同国家的政策是有些许差异的，大部分国家都是按照社会组织管理，由民政局负责。