由于摩尔根最初对萨顿的基因位于染色体上的学说表示怀疑，因此，他进行果蝇杂交实验的目的并不是去证明基因位于染色体上，而是探究“遗传与染色体的关系”。
从教科书P.29图2—8“果蝇杂交实验图解”的分析中,能够得出的结论有：
1、果蝇的红眼和白眼是一对相对性状；
2、红眼是显性性状,白眼是隐性性状；
3、白眼的遗传与性别有关.
由同页教科书第二段文字叙述“20世纪初,一些生物学家已经在昆虫的细胞里发现了性染色体”中可知：性别与性染色体有关；由于“白眼的遗传与性别有关”,故由此可以推出“控制白眼的基因与性染色体有关”；由同页教科书第三段文字“白眼的遗传与X染色体的遗传相似”,可以推出“控制白眼的基因与X染色体有关”,
从而得出“基因与染色体有关”的结论.这就是摩尔根的果蝇杂交实验所能得出的结论.而我们知道,“基因与染色体有关”与“基因在染色体上”是两个不同的命题.两者不能混为一谈.
其实,摩尔根及其同事在对实验现象做解释时,同样先设定了一个假设,那就是“如果控制白眼的基因在X染色体上,……”,也就是“基因在染色体上”.于是,教科书上出现了用“基因在染色体上”的假设去证明“基因在染色体上”这一“戏剧性”的一幕.试想,如果没有了这个假设,还会有摩尔根他们的合理解释吗?
事实上,真正能够证明“基因在染色体上”的还是教科书30页上介绍的荧光标记法.那才是“基因在染色体上”的直接证据.
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