考古学家判断，马丘比丘是印加王帕查库提于15世纪中后期建造的，面积9万平方米。城中宫殿、神庙、街道和水利设施等一应俱全。因被遗忘在高山丛林中数百年，至今一切还保留着当初的模样。1532年，数百名西班牙人攻入印加帝国，利用和印加王谈判的机会处决了他。之后，西班牙人开始在那里殖民统治和疯狂掠夺。也许正因为马丘比丘地势险要，才没被西班牙军队找到，逃过一劫。直到1911年，美国探险家宾汉姆在寻找民间传说中“消失的印加城市”时，因走错路偶然在荒山蔓草间发现了这个古文明的最后驿站。据说，被发现时，古城里散落着100多具骷髅，男女比例为1∶10。有人因此推断，马丘比丘是祭祀场所，因为印加人崇拜太阳，女人被视为太阳的贞女；也有人说，那里是当时贵族聚会之地，这些女人是供男人享乐的。 马丘比丘的下城区是普通居民区和储物仓库区，这里的石造建筑材料和上城区相比，粗糙许多，建筑也不如上城区的宏伟高大，因此下城区又有“平民区”之称。平民区的尽头有一座研钵屋，这座石屋的地面上有两个类似研钵的圆坑。有学者认为这里曾是印加人用来研磨食物的加工厂。但是，后来的考证发现，印加人所用的研钵形状和这两个圆坑很不同。因此人们普遍认为，这两个圆坑在储水之后，是印加人用来观测日月星辰的“天文仪器”，研钵屋是设在下城区中的天文观测站。
神鹰庙
神鹰庙是下城区唯一的神庙,其地面上有类似鹰头的石刻,神庙后面的巨石就像是神鹰展开的两翼,造型有如自然天作,栩栩如生。曾有人发现,在神鹰庙背后的“羽翼”里有造型独特的石龛,石龛中安置着木乃伊。 马丘比丘有着众多的神庙，其中的太阳神庙不仅是印加人祈祭太阳的场所，更是一座天文观测站。近年有考古天文学研究发现，每年夏至时分，太阳光正好由神庙东窗射入，十分准确地投影在庙中用来测量太阳升起点的“捆日石”上。另外，主神庙、三窗庙和圣器收藏室都是最主要的神庙。主神庙是一座三面围墙一面开放的建筑，其东西两侧石墙皆以巨石为底，并以打磨精细的石块垒砌而成，庙中还有一座巨石砌成的祭坛。三窗庙位于主神庙旁，因有三扇巨石叠成的大窗而得名。庙中立有一根石柱，据说是用来支撑屋顶的，石柱边还有一块代表天地宇宙的阶梯石刻，是印加神庙的重要标志之一。
