学术的影响
如上个段落所描述，
西学东渐将西方近代各种学术上的新成果带入了中国，深深影响到各种学术的发展，而许多在传统中国不被重视甚至不存在的学科也在此影响下得到发展，中国传统学术的基本框架“经、史、子、集”完全被打破，许多传统的学术受到西学的冲击，有的逐渐没落，有的吸收西方学术而加以改进，到民国时期，整个西方式的学术体系架构大致成型。
思想文化的影响
西学东渐所造成中国思想文化的影响和变化之大，在中国历史上只有百家争鸣可以与之媲美。中国人经过西学的洗礼，对于世界、历史发展、政治、经济、社会、自然界万事的看法，都有了巨大的改变。而中国传统的思想文化中的许多成分，则被以西方的标准重新估定其价值，部分诸子百家思想获得重新重视，而尤其是
儒家思想及一些民间的风俗信仰文化，则受到强烈的批判。
政治的影响
西方政治思想的传入，
议会制、民主制度、新的国家概念、
无政府主义、社会主义思想等，对于晚清中国的政治发展产生重大影响，包括戊戌维新的发起、晚清新政的推展、立宪运动的尝试、
辛亥革命的爆发，民初议会制的推行、
五四运动、联省自治运动、北伐统一，一直到后来的共产革命等，都受到这些西方思想的重大影响。