刚开始是南京，后来迁都北京。
元末天下大乱，朱元璋趁势崛起，1364年，建立西吴政权，1368年，朱元璋在应天（南京）称帝，国号大明。同年攻克大都推翻元朝。后采取一系列措施发展经济，开创洪武之治。
1398年朱元璋驾崩，由于太子朱标早死，由皇太孙朱允炆即位，年号建文，即明惠宗。明惠宗为巩固皇权，与亲信大臣齐泰、黄子澄等密谋削藩。
周王、代王、齐王、湘王等先后或被废为庶人，或被逼自杀。 同时以边防为名调离燕王朱棣的精兵，欲铲除朱棣。
朱棣在姚广孝的建议下以“清君侧，靖内难”的名义起兵，最后率军南下，攻占南京，史称靖难之役。后明惠宗在宫城大火中下落不明，朱棣即位，改元永乐。
1405年，朱棣将北平改名北京，称行在，设立北平国子监等衙门。1416年，朱棣公布迁都的想法，隔年开始大规模营造北京，1420年完工，隔年迁都。
扩展资料：
1、南京
南京，简称“宁”，古称金陵、建康，是江苏省会、副省级市，南京地处中国东部、长江下游、濒江近海。
1356年，朱元璋攻占集庆，改为应天府。1368年建立明朝，以南京为京师，南京成为中国的政治、经济、文化中心，迎来历史上的第二次高峰。
明初京师总人口约70万人，是当时中国规模最大、人口最多的城市，也是全世界最大的城市，修造历时达27年的南京明城墙，是世界第一大城垣。
2、北京
北京，简称“京”，是中华人民共和国的首都，是全国的政治中心、文化中心，国家中心城市、超大城市，是世界著名古都和现代化国际城市。地处华北大平原的北部，北纬39度56分、东经116度20分，东面与天津市毗连，其余均与河北省相邻。
明朝初年，以应天府（今南京）为京师，大都路于洪武元年（1368年）八月改称为北平府，同年十月应军事需要划归山东行省。
洪武九年（1376年），改为北平承宣布政使司驻地。燕王朱棣经靖难之变后夺得皇位后，于永乐元年（1403年）改北平为北京，是为“行在”（天子行銮驻跸的所在，就称“行在”）且常驻于此，如今的北京也从此得名。
永乐十九年（1421年）正月，明朝中央政府正式迁都北京，以顺天府北京为京师，应天府则作为留都称南京。
参考资料来源：百度百科——北京
参考资料来源：百度百科——南京
参考资料来源：百度百科——明朝
早期都城：今南京，当时名叫应天。
洪武元年正月朱元璋登基，八月建都南京应天府。直至永乐十九年正月，朱棣正式迁都北京。期间为公元1368至1420年，共52年。历任三位皇帝：明太祖朱元璋，明惠宗（建文）朱允文，明成祖朱棣。史书记载其地理沿革曰：太祖丙申年三月曰应天府。洪武元年八月建都，曰南京。十一年正月曰京师。永乐元年正月仍曰南京（说明朱棣即位就已经打算迁都了）。
按：迁都后，南京作为陪都，拥有一套行政班子，与北京的制度相当。所以，后来北京被李自成攻陷后，在南京，福王即位，史称南明。南京成为南明的都城，直至清朝豫亲王多铎等南征为止。
明成祖迁都：顺天（今北京）。
永乐十九年正月朱棣正式迁至北京，直至明崇祯十七年三月被李自成攻陷。期间为公元1421至1644年，约223年。史书记载其地理沿革为：洪武元年八月名北平府。十月属山东行省。二年三月改属北平。三年四月封燕王朱棣于北平。永乐元年正月升为北京，改府为顺天府。
陪都：凤阳。明朝称为中都。
凤阳原是朱元璋的老家，朱元璋登基后，曾以南京为陪都，营建凤阳宫室，预备将来以凤阳的龙兴之地为明朝都城，但是经过一段时间的施工尤其是朱元璋的实地考察后，因为凤阳不利农耕（缺水）且交通不便，再加上营建新都的成本太高，朱元璋正式放弃定都凤阳的打算。但是，朱元璋父母陵墓在凤阳，且前期工程已经修建了城墙和宫殿，于是朱元璋封凤阳为中都，是为明朝前期的陪都。朱棣迁都北京后，南京为正式陪都，凤阳保持中都地位，直至闯王高迎祥的起义军攻克凤阳、焚烧宫室陵墓为止。