日元兑换人民币的手续费收取方式通常包括两种：按照兑换金额的比例收取，或者固定收取一定金额。
按照兑换金额的比例收取手续费的方式比较常见。这种方式通常是根据兑换的金额来计算手续费，比例一般在0.1%到1%之间。例如，如果兑换10000日元的人民币，手续费比例是0.5%，那么手续费就是50元人民币。这种方式的优点是计算简单，容易理解，而且对于大额兑换来说，手续费的金额也相对较低。但是，对于小额兑换来说，手续费的比例可能会相对较高。
固定收取一定金额的手续费的方式也比较常见。这种方式通常是无论兑换多少金额，手续费都是固定的。例如，每次兑换都需要支付20元人民币的手续费。这种方式的优点是对于小额兑换来说，手续费的负担相对较小。但是，对于大额兑换来说，手续费的金额可能相对较高。
需要注意的是，不同的银行或者兑换机构可能会采用不同的手续费收取方式，而且手续费的比例或者金额也可能会有所不同。因此，在进行日元兑换人民币的操作之前，最好先了解一下具体的手续费收取情况，以便做出更加明智的决策。