前秦建元二年(366年),僧人乐尊路经此山,忽见金光闪耀,如现万佛,于是便在岩壁上开凿了第一个洞窟。此后法良禅师等又继续在此建洞修禅,称为“漠高窟”,意为“沙漠的高处”。
北魏、西魏和北周时,统治者崇信佛教,石窟建造得到王公贵族们的支持,发展较快。
隋唐时期,随着丝绸之路的繁荣,莫高窟更是兴盛,在武则天时有洞窟千余个。安史之乱后,敦煌先后由吐蕃和归义军占领,但造像活动未受太大影响。北宋、西夏和元代,莫高窟渐趋衰落,仅以重修前朝窟室为主,新建极少。
元代以后敦煌停止开窟,逐渐冷落荒废。明嘉靖七年(1528年)封闭嘉峪关,使敦煌成为边塞游牧之地。清康熙五十七年(1718)平定新疆。
雍正元年(1723)在敦煌设沙州所,三年(1725)改沙州卫,并从甘肃各州移民敦煌屯田,重修沙州城。乾隆二十五年(1760)改沙州卫为敦煌县,敦煌经济开始恢复。莫高窟开始被人们注意。清光绪二十六年(1900)发现了震惊世界的藏经洞。
敦煌石窟营建的一千年历程,时值中国历中上两汉以后长期分裂割据,走向民族融合、南北统一,臻于大唐之鼎盛,又由颠峰而式微的重要发展时期。
在此期间,正是中国艺术的程序、流派、门类、理论的形成与发展时期,也是佛教与佛教艺术传入后,建立和发展了中国的佛教理论与佛教宗派,佛教美术艺术成为中国美术艺术的重要门类,最终完成了中国化的时期。
从中国绘画美术的门类角度看,敦煌石窟壁画中的人物画、山水画、动物画、装饰图案画都有千年历史,自成体系,数量众多的特点,都可成为独立的人物画史、山水画史、动物画史、装饰图案画史。
特别是保存了中国宋代以前即10世纪以前如此丰富的人物画、山水画、动物画、装饰图案的实例,这是世界各国博物馆藏品所未见的。