长期以来，我国自然资源的产、供、销几科完全在计划体制的控制下运行资源产品的绝大部分被国家以指令性计划调拨的方式拿走，价格低于
国际市场同类产品几成甚至更低。资源产地及其企业使产品进入市场的自主权和活动余地极小。近年来，
市场经济的发展使资源型产品的 水资源
价格显得越来越不合理。“资源无价、原料低价、制品高价”使加工型产业部门可以因原料低价而毫不费力地取得良好的效益，而资源型产业部门却负担着巨额的行政性亏损。于是，加工型产业部门毫不珍惜廉价的原料，资源型产业部门更无积极性去提高资源产品的产出率，从而造成了我国长期以来经济增长依赖于资源的高投入。据统计，我国能源投入系数在全世界100多个国家中高居首位，资源的浪费十分惊人。另外，资源的计划配给还造成了隐性的浪费：资源产品被国家指令性计划调出产地，而产地的资源加工型产业部门又被迫去资源非产地购回这些产品（例如黑龙江省的原木被源源为断地调外省外，省内造纸等行业每年必须花费大量的人力、物力去省外购买原木），这对于运输部门的压力无疑是巨大的，而且还造成了资源产品的损耗及人、财、物的浪费。 可见，自然资源的计划管理造成了自然资源的严重浪费，是我国高消耗、低效益经济增长和
产业结构层次低、转换慢的根本原因。此外，自然资源的计划管理还造成了其他一些消极影响，计划体制使基层单位的领导者没有主动性、创造性和责感，造成企业管理水平低、
经济效益差；计划体制损害了
市场机制的作用，使公平竞争不能得以体现，严重阻碍了技术的进步；计划体制常使资源产品的消费者不能得到真正的满足，常出需要者无供给而不需要者却又被迫购买的现象；计划体制造成的一系列问题还引发了环境的严重污染，使生态环境日益恶化。