从南京站到南京南站可以乘坐地铁1号线或地铁3号线，时长大约在半个小时左右，当然在高峰期间时间会长一些。
南京地铁1号线是南京地铁第一条建成运营的线路，于2005年5月15日开通观光运营，同年9月3日正式运营，标志色为蓝色。
地铁1号线途径栖霞区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，线路北起迈皋桥站，沿南京主城区中轴线一路南下，于安德门站向东南转至东山副城，进入江宁大学城，南至中国药科大学站。延伸至二桥公园站的北延工程已正式开工，预计2020年底建成通车。
南京地铁3号线是南京地铁第六条建成运营的线路，也是南京地铁第二条开通的过江线路，于2015年4月1日正式运营，标志色为绿色。
地铁3号线途径浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，线路北起江北新区的林场站，下穿长江进入主城一路南下，进入东山副城，南至秣周东路站。延伸至秣陵街道站的三期工程已进入前期准备阶段，将于2017年底前全面开工。
地铁3号线全长44.9千米，其中地下线42.5千米、高架线2.4千米；共设置29座车站，其中地下站28座、高架站1座；列车采用6节编组A型鼓形列车，由中国南车南京浦镇车辆有限公司、新誉集团、庞巴迪运输瑞典有限公司联合制造。