我觉得《名侦探柯南》TV版中剧情是漫画没有的或者有出入的有《新干线大爆炸事件》和第13集《奇怪的寻亲杀人事件》中的相关情节，《寻亲事件》中改名为“广田雅美”。动画中每个案例的顺序与原始动画中的完全不同。情节也有一些删减和改变，增加了原来的卡通故事。 动画中一些角色出现的时间也发生了变化。例如，少年侦探小组的成员出现在动画的第一集，铃木园子的出现也更早。但这也引起了矛盾:在第一集，严光等人遇到了新一，但在第192集，他们说不认识新一。
动画开始时，由于“年轻时代”的定位，制作团队在动画中屏蔽了具有黑社会性质的黑衣人组织，并修改了第5集《新干线大爆炸事件》和第13集《奇怪的寻亲杀人事件》中的相关情节，但后一个情节是不合理的。漫画《新干线大爆炸事件》展示了琴酒和伏特加。柯南通过窃听得知了他们的代号。然而，动画的第五集被改成了与组织无关的两个人——所以“学习两个人的代号”被改成了《雾天狗传说杀人事件》(Murder in the Legend of Fog Dog)第52集的开头柯南在独白中提到他已经学习了两个人的代号，但是不清楚是用什么手段。
漫画《寻亲事件》中别名“广田雅美”的宫野明美最终被琴酒和伏特加曝光，并被他们暗杀。动画第十三集的杀手换成了田重，《广田雅美》的结局也换成了被警方逮捕。由于明美死亡与海原艾的出场相关的情节无法与以下联系起来，动画制作团队在海原艾出场前制作了《黑衣组织10亿元抢劫事件》第128集，完成了这一集明美死亡的情节，但仍然造成了情节漏洞，即“宫野明美在动画中出现两次，抢劫了两家银行”。
并且因为明美的死在漫画中被改编，相关灰原哀的漫画出场情节被推迟(明美在漫画第2卷登场，灰原则在漫画第18卷才登场)。作家青山刚昌创造了服部平次这个角色来取代不能出现的阿诗哈拉，成为柯南的对手。所以我觉得《名侦探柯南》TV版中剧情是漫画没有的或者有出入的有《新干线大爆炸事件》和第13集《奇怪的寻亲杀人事件》中的相关情节，《寻亲事件》中改名为“广田雅美”。