《生化危机5》以延续一切故事开端的《生化危机》洋房危机10年后为背景,故事舞台搬到了人类发源地非洲,在这块炎热的大地上拥有并非僵尸也不属于寄生兽的敌人,饱经历练的克里斯(Chris)将与新搭档谢娃(Sheva)共同面对潜藏于黑暗大陆的神秘生化危机。登场敌人部分,除了有玩家所熟悉的生化僵尸犬,貌似巨型蝙蝠的全新登场生化合成怪兽,以及受到寄生而失去理智成为嗜血杀人狂的电锯人、巨斧刽子手等也都将一一登场。
由于浣熊市病毒事件,伞公司已经倒闭,但是危机并没有消失,而在日益加重。为了应付日益严重的生化危机,一个隶属联合国的新组织BASS成立了。混乱的非洲自然是生化危机最严重的地方。BASS得知一个黑军火贩子Iring在非洲交易生化武器,于是派超级战士Chris到非洲追杀Iring。BASS非洲分部指派Sheva作为协助,因为当地人特别反美,即便是BASS也不例外。
chris和sheva过检查站后,kerk在直升飞机上告知他们阿尔法小队已经开始行动,要求他们在指定地点和阿尔法小队汇合。chris和sheva在肉铺和线人接头后领到了装备,很快发现当地人在攻击他们,于是逃入了一个房间,与总部通话后才发现总部早就知道这个情况!他们一路前行,却目睹了线人被砍头,随后他们也被人发现,于是展开了一场大战,最后kerk及时赶到,炸开门,将他们救了出去。
当他们在赶往回合地点路上,传来了阿尔法小队呼救的声音,当他们赶到时,只有队长还奄奄一息,交给了他们一个硬盘,随后他们就遇到了一个长满触手的怪物,最后他们将怪物引入焚烧室将其烧死。
他们从港口杀到海滨小镇,碰到了很多新的敌人,kerk在支援他们时遭到幺蛾子的攻击,失事坠毁,总部命令所有单位向失事地点集结。在失事地点,他们遭到了摩托党的袭击,幸而德尔塔小队救援。德尔塔小队队长Josh将阿尔法小队取得的硬盘上的信息的解密信息交给了chris,而上面有一张图片是jill!
他们继续前进,路过火车站,穿越矿场,结果irving却被一个带面具的人救走,最后德尔塔分队派司机将chris、sheva接走。
路上他们又遇到了飞车党的袭击,当他们摆脱飞车党后,到了集合地却发现德尔塔小队已经全灭,唯独不见josh,突然之间,接他们的那个司机被一个巨人一脚踩扁…… 一场大战后,chris对sheva说,任务已经结束了,她应该回去了。sheva说,那你呢?chris 说总部回传的信息中有他的搭档jill,他要去找她。sheva说你一个人不行,我和你一起去。于是他们一起上了船。
在船上, sheva说,能说说jill的事吗? chris说我们在浣熊市事件中发现wesker是内奸后就一直在找他的下落。几年前我们得到消息,可能他和spenser(伞公司的创始人)在一起。当我们突袭了spenser的住处,发现spenser已死,而wesker则几乎是一个怪物,身法鬼魅,最后搏斗中jill为了救chris将wesker扑下了悬崖…… 他们继续穿行,向信息中的油田走去。
他们到了油田,又碰到了josh,而josh对自己的行踪却言语不详。他们三个人一起找到了iring,却发现irving 已经上了船,并告诉他们要有一场大烟火等着他们。他们仨在油田爆炸的最后关头,也上了船,及时逃离。
最后他们追上了irving,irving走投无路打了病毒,变成了巨大的怪物,他们打败irving,按irving的临终遗言,走向一个岩洞。
他们在岩洞内发现了一个巨大的遗迹,穿过重重机关后,终于到了图片上显示的实验设施,却发现jill的培养器是空的。
他们继续前行,最后找到了wesker和excella,却发现那个戴面具居然是jill,原来jill和wesker坠崖后并没有死,wesker用控制器将jill的思维控制了,最后他们将jill身上的控制器拔除。并追到了船上。
在船上,他们一路杀过去,追到excella,交火中,excella丢了一种注射剂。
等他们第二次遇到excella,却发现excella变成了巨大怪物,他们奋力打败了这个怪物。
chris接到jill的信息,说wesker要散布病毒,他们找到了wesker,最后挫败了wesker的阴谋并将wesker埋葬于岩浆之中。
wesker一直是终极反派,他死了之后,有人说josh将取代其位置。
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