1、产业同构现象的存在使得区域内的竞争远大于协作
由于长期受条块分割的影响和地方保护主义的驱使，长三角地区各城市之间生产布局重复、产业结构同化、特点同化、职能同化现象较为突出；而财政包干体制又促使地方政府争上高税利产业，使长三角地区发展基本处于松散无序的状态。城市间“同质竞争”所导致的产业多样性，使本已形成的产业链不能及时形成规模效应，制约着地区经济的发展。资源类似、区位相近、高度的产业结构同构现象使长三角城市在招商引资、开发区建设等方面竞争激烈而合作不足，加大了产业结构调整的难度。
2、地方保护主义仍是一体化建设的最大障碍
受地方保护主义影响，长三角地区间存在着各自为政、分工不明、政策差异、过度竞争等诸多“瓶颈”。各自为政的行政体制和行政摩擦，是长三角一体化的最大“绊脚石”。从城市角度讲，地方保护主义的体现就是城市间难以展开合作。宁波的北仑港和上海现在正在建设的大小洋山港，就是一个鲜明的案例。另外，税收等一些客观因素的存在也是造成长三角内市场割据、地方保护现象的重要原因。
3、环境污染依然是影响区域发展的软肋
环境污染是整个长三角地区面临的最严重的问题，也是其进一步发展所亟需解决的问题。在经济持续、快速发展的同时，长三角地区的环境承载能力已变得十分脆弱。严重的水污染、大气污染和耕地污染等，使“长三角”已成为我国新的生态环境脆弱带，并已出现一些环境问题，其中水污染问题最为突出。目前，京杭运河长三角地区段、太湖、长江下游段、钱塘江段等水资源都受到不同程度的污染。从长三角目前的经济发展趋势看，如果不改变生产方式和调整产业结构，对环境问题不采取有力措施，污染将会进一步恶化，并将直接拖累这一区域经济的整体发展。
4、资源紧张影响到整个区域的投资环境
2004年夏天，整个长三角地区都在传递着一个信息——“缺电”，其中江、浙两地更为严重。大面积的缺电使得区域内众多企业经受了“开五停二”或“开四停三”的减产之痛。与“电荒”同时存在的还有“地荒”。有报道称，在长三角地区，经济发达县市到欠发达地区购买土地指标已是公开的秘密。但即使通过政策变通的办法，将计划中的农业用地变成工业用地，也只是解了“地荒”的“燃眉之急”。另外，人力资源特别是高级技术工人的缺乏也已经演变成阻碍地区发展的巨大隐患，“管理人才好找、技工人员难觅”的问题普遍存在，技工缺口高达上万人。资源的紧缺已经严重地影响了长三角地区的投资环境，有些外商对到长三角投资开始持观望、等待态度。另外也有部分长三角区域内的企业由于难以承受缺电之痛，开始向外搬迁。
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