在双水相体系中，蛋白质的选择性分配是由
分配系数决定的，具体与两相组成、温度、蛋白质的性质等许多因素相关，涉及到氢键、盐键、疏水键等等。其实简单地说，就是蛋白质在哪一相中
溶解度大一些，就富集在哪边。在PEG/DX体系中，上相PEG
疏水性更强，蛋白质表面一般都有疏水区，这导致蛋白在上相相对富集。再有，蛋白质相对容易集中在低分子量相。
拓展资料：
当萃取体系的性质不同时，物质进入双水相体系后，由于表面性质、电荷作用和各种力（如憎水键、氢键和
离子键等） 的存在和环境因素的影响，使其在上、下相中的浓度不同。物质在双水相体系中分配系数K可用下式表示：
K= C上/ C下
其中K为分配系数，C上和C下分别为被分离物质在上、下相的浓度。
分配系数K等于物质在两相的浓度比，由于各种物质的
K值不同，可利用双水相萃取体系对物质进行分离。其分配情况服从分配定律，即，“在一定温度一定压强下，如果一个物质溶解在两个同时存在的互不相溶的液体里，达到平衡后，该物质在两相中浓度比等于常数”，分离效果由分配系数来表征。
由于溶质在双水相系统两相间的分配时至少有四类物质在两个不同相系统共存，要分配的物质和各相组分之间的相互作用是个复杂的现象，它涉及到氢键、电荷相互作用、
范德华力、疏水性相互作用以及空间效应等，因此，可以预料到溶质在双水相系统中两相间的分配取决于许多因素，它既与构成双水相系统组成化合物的分子量和化学特性有关，也与要分配物质的大小、化学特性和生物特性相关。
大量研究表明，生物分子在双水相系统中的实际分配是生物分子与双水相系统间静电作用、疏水作用、生物亲和作用等共同作用的结果，形式上可以将分配系数的对数值分解为几项：
InK = InKm+InKe+In Kh+InKb+InKs+InKc
式中，Ke-----静电作用对溶质分配系数的贡献；
Kh----- 疏水作用对溶质分配系数的贡献；
Kb-----生物亲和作用对溶质分配系数的贡献；
Ks----- 分子大小对溶质分配系数的贡献；
Kc----- 分子构型影响对溶质分配系数的贡献；
Km -----除上述因素外的其它因素影响对溶质分配系数的贡献。
值得指出的是，这些因素中虽然没有一个因素完全独立于其它因素，但一般来说，这些不同的因素或多或少是独立存在的。
影响待分离物质在双水相体系中分配行为的主要参数有成相聚合物的种类、成相聚合物的分子质量和总浓度、
无机盐的种类和浓度、pH 值、温度等。