绍兴县人民政府办公室下设多个职能科室，分工明确，致力于高效运转和政务服务。
秘书科负责日常政务联络，管理文件、审阅、转发等工作，包括"第一读者"职责，编辑相关工作纪事和预安排，以及机要、保密、档案等管理工作。同时，协助处理群众来信来访，以及与驻外办事处的联络服务和会议通知。
综合科负责起草重要会议材料，参与会务工作，负责政府工作报告的编写，与兄弟县市秘书网络互动，撰写地方年鉴条目，以及政务新闻发布准备工作。
调研科负责制定调研计划，研究重要课题，解决紧迫问题，并参与政府系统调研报告的评审，为领导决策提供支持。
信息科负责收集、筛选政务信息，编辑各类通报，负责政务信息网络建设和民情信息员队伍建设，为领导决策提供信息支持。
督查科负责人大代表建议和政协委员提案的办理，检查政府文件落实情况，编辑督查报告，并负责政务公开工作。
这些科室作为分口副县长秘书工作部门，负责会议组织、材料准备、领导批示传达及落实，政策协调，对外联络，以及处理公文和来信来访等事务，同时提供对口联系工作的政务信息服务。