日本是个多宗教国家，主要有神道教、佛教、基督教三个大的宗教和许多小宗教。
神道教是日本固有的民族宗教信仰，也是在日本历史比较长的宗教。它没有类似于释迦牟尼那样的教主或惟一神灵。它产生于日本传统文化的土壤之中，但又受到了外来文化的深刻影响。其信徒分别与设在各地的神社或教会保持着某种联系。一般根据这些神社等组织的性质将神道分为二类，即神社神道和教派神道。
神社神道与神社本厅
神社神道是日本的神道的主体。所谓“神社神道”，是指以神社为中心的神道。换言之，是指没有宗教理论或宗教教派基础的、以族缘或地缘为基础、以神社为中心的崇敬祖先神、氏神、地域神的信仰。日本几乎每个人口聚集地都至少有一个神社。至今全国仍 有8万2千余家神社。
这些神社有的祭祀祖先（氏神），有的祭祀地域神，有的祭祀专门保佑人们某一方面利益的神祗，如农业丰收的稻荷神、保佑身体健康、生子繁衍后代的神等。
日本自古有“八百万神”的说法。每个神社都祭祀着其中的一个或两个神。
所谓天照大神即天皇的祖神只是这八百万神中的一个，因而祭祀天照大神的伊势神宫也是神社神道的一个神社。由于日本人有参拜神社，特别是出生、出嫁后和过年时参拜神社的习俗，因而几乎每个人都被视作某一神社的“氏子”。
这就是本节开头所述文化厅统计中神道信徒几乎与人口总数相等的原因。
在这个意义上，掌握了神社神道，就等于掌握了全体国民。
因此，战前，日本军国主义当局以神社神道为主体建立了旨在对国民进行思想统治的“国家神道”。二战结束以后，占领日本的盟军总部为了防止军国主义复活，于1945年12月向日本政府下达“神道指令”，废止国家神道，实行政教分离。
鉴此，大日本神祗会、皇典研究所等神社神道团体于1946年2月14日共同设立了非国营的宗教法人——神社本厅。它以奉天皇祖神天照大神为主神的伊势神宫为本宗，以“尊奉神祗恩德，谋求神社兴隆，宣扬神道，作兴道义”为宗旨，在全国各个都道府县都设有支部—神社厅。至2000年2月末，它已经下统分布于全国各地的近80100家神社或团体，拥有神职人员27500人约占全国神社总数的98%。它的法人代表叫“统理”，决策机构是由神职人员和“氏子”（ 即信徒）中选出来的代表组成的“评议员会”，执行机构为理事会。
教派神道的形成及其现状
教派神道源自产生于江户时代后期的新宗教，明治政府先后批准这些新宗教和其他教派等13个教派为“教派神道”，俗称“神道十三派”。这些教派的特点是各个宗派几乎都有明确的教义和教规以及严密的组织，名称上几乎都有一个“教”字，显示了它们具有一定的独立性。
二战结束以后，原十三派除了一些教派退出以外，余者组成了作为教团的教派神道联合会。1964年，教派神道联合会所属的分支教派已达80余个。至2000年12月末，教派神道共有信徒361万人，拥有教会等法人团体5860个。教派神道的信徒数量虽然远不能与神社神道相比，但在日本社会仍然占有一定地位并具有相当大的影响力。
佛教可以说是日本的外来宗教，但也有人认为佛教在日本已经实现了民族化，不应将其看作外来宗教。它的历史却非常悠久，在日本封建社会的发展大体上经历了盛行传统佛教阶段（奈良时代和平安时代）和盛行新佛教的镰仓时代等两个阶段，到江户时代和明治维新以后进入了低潮期，二战以后又逐渐有所发展扩大。
至2000年12月31日，日本共有佛教信徒9409万人，其中天台宗系统348万人；真言宗系统1270万人；净土宗系统1950万人；禅宗系统335万人；日莲宗系统1700万人；奈良佛教系统76万人；未加入横向联合组织的所谓“单立宗教法人”中的佛教信徒（如创价学会等）3730万人。共有寺院等设施85745处，神职人员204380人。
全日本佛教会是日本佛教界惟一的联合体组织，下属团体达100余个。日本佛教在全国共有约8万个寺院或布教所，分别属于各个宗派，其中 有90%以上属于全日本佛教会及其下属的宗派、团体。
基督教这个外来宗教在日本的发展历程可谓一波三折。它既受到过残酷的镇压，也受到过有力的扶持。目前，日本国民对这个宗教似乎颇有亲近感，越来越多的青年人愿意在基督教的教堂举行婚礼就是一个明证。但是，正式接受洗礼加入基督教的信徒却不见增加。
根据日本1999年版《基督教年鉴》的统计，1998年，日本共有基督教徒1104167人，约占同年总人口的0.879%。其中，新教徒为602845人，天主教徒为457199人，东正教徒为25713人，神职人员为18410人，合计为1104167人。到2000年12月31日，教徒总数174.5万人（含单立宗教法人）。
日本基督教的全国性组织是日本基督教联合会和日本基督教协议会。日本基督教联合会的团体会员共有60个，其中最大的是天主教中央协议会。日本基督教协议会则主要是新教的全国性组织，拥有33个正式或准正式加入的团体会员，其中最大的是“日本基督教团”，其次是日本圣公会。
所谓其他宗教，是指除了前述神道、佛教、基督教以外的宗教。这些宗教有些已经有比较长的历史，但更多的是近代以后特别是二战以后创立的，因而也有人将它们称作“新宗教”。1951年10月17日，这些宗教团体联合成立了全国性组织——新日本宗教团体联合会，并于1953 年3月9日被政府批准为财团法人。这个联合会（简称“新宗联”）代表“新宗教”与神社本厅、教派神道联合会、全日本佛教会、日本基督教联合会一起组成了日本宗教界的代表性组织——日本宗教联盟。“新宗联”的宗旨是“信教自由、宗教合作、政教分离、国民皆信仰”。目前，新宗联共有66个团体会员，在全国各大区设有11个“总支部”，在各个都道府县和地区设有55个协议会。