"Having done" 和 "had done" 都是过去完成时的形式，但是它们之间有一些区别。
"Having done" 是现在完成时的过去完成时形式，表示过去发生的动作在过去某一时间点之前已经完成。在句子中通常用作过去完成分词形式。
例如：
Having finished his homework, John went to bed.（约翰做完作业后就去睡觉了。）
"had done" 是过去完成时的形式，表示在过去的某个时间点之前已经完成的动作，通常用于过去完成时的主句和状语从句中。
例如：
Peter told me that he had done his homework.（彼得告诉我他做完了作业。）
总之，虽然这两种形式都是过去完成时的形式，但是它们语境和用法是不同的，需要根据上下文来确定使用哪一个形式。