南京最后一趟列车停运时间在晚上22点到23点40之间。
南京地铁一般早晨开始的时间大概是在5：40~6：00之间，至于晚上停运的时间，大概是在晚上的22：00~23：40之间。不同的地铁早晨发车的时间和晚上停运的时间是不太一样的，所以具体的乘客还是应该登录南京地铁集团的官网，在上面有每趟列车的详细发车时刻表。
截至2022年12月，南京地铁已开通运营线路共有12条，包括1、2、3、4、7、10、S1、S3、S6、S7、S8及S9号线，均采用地铁系统，共208座车站（换乘站重复计算），地铁线路总长449千米，构成覆盖南京全市11个市辖区及句容市的地铁网络。南京是中国第一个区县全部开通地铁的城市，也是继广州、上海、武汉后中国第四个开通跨市地铁线路的城市。
南京地铁具体运行时间：
1、南京地铁1号线运营时间，起点站：迈皋桥05：42-23：19终点站：中国药科大学05：47-23：27。
2、南京地铁2号线运营时间，起点站：油坊桥06：00-23：00终点站：经天路06：00-23：00。
3、南京地铁3号线运营时间，起点站：林场6：00-23：00终点站：秣周东路6：00-23：00。
4、南京地铁10号线运营时间，起点站：安德门06：00-23：40终点站：雨山路05：40-23：00。
5、南京地铁S1号线（机场线）运营时间，起点站：南京南站6：00-22：00终点站：禄口机场6：40-22：00。
6、南京地铁S8号线（宁天城际）运营时间，起点站：泰山新村06：00-22：20终点站：金牛湖06：00-22：00。
7、南京地铁4号线运营时间，起点站：龙江6：00-23：00终点站：仙林湖6：00-23：00。
8、南京地铁S3号线（宁和城际）运营时间，起点站：高家冲06：00-22：00终点站：南京南站06：00-22：00。
9、南京地铁S9号线（宁高线）运营时间，起点站：翔宇路南06：00-22：00终点站：高淳06：00-22：00。
以上内容参考百度百科-南京地铁