蚌埠医科大学设有基础医学、临床医学、护理学、生物学、医学技术、药学6个一级学科硕士学位授权点和临床医学、口腔医学、公共卫生、护理、药学5个硕士专业学位授权类别,36个二级学科授权点,临床医学学科进入美国基本科学指标(ESI)全球排名前1%。
2021年,学校临床医学、护理学双双荣获“第十届中国大学生医学技术技能大赛”全国总决赛银奖,连续7年晋级全国高等医学院校大学生临床技能竞赛总决赛,获一等奖1次、二等奖4次、三等奖2次;
获全国首届医学影像专业大学生实践技能大赛团体特等奖、全国首届护理本科临床技能大赛一等奖。