个人理解：机理重点在这个“理”上，表示原理、道理、理论；而机制重点在这个“制”上，表示规则、条件、约束。在经管论文中，如果是分析系统要素间的结构、行为以及关系等，两者可以通用。如果是在强调系统内部要素的运行原理，突出的是理论层面的解释，建议使用“机理”；如果是强调系统要素对其他要素或者系统整体的影响，突出的是限制和规则，建议使用“机制”。举例说明，在公司治理研究领域，我们常说公司治理机制，而不说或者很少说公司治理机理。
大家看看对不对？
机制的含义比机理宽泛，在某种意义上机制即机理，如《新华网》报道：《治理商业贿赂：把握着力点建立健全长效机制》（原载2006年04月26日《瞭望》杂志）。
机理：
1、机理是指事物变化的理由与道理。
2、在化学动力学中，所谓“机理”是指从原子的结合关系中来描绘化学过程。
3、在化学气相沉积中，机理的含义更加广泛。如果其过程是动力学控制的，机理是指原子水平的表面过程。
机制：
1、机制即制度
2005年12月15日《慧聪网》《慧聪网广电行业频道》：《2005年广电行业发展：加强体制机制创新》“机制创新是改革和发展的根本。回望2005年，我国广播影视取得事业和科技发展巨大成绩的同时，在体制机制创新方面也取得令人瞩目的成绩，提高了事业与产业协调发展和可持续发展的能力。”
2、机制即体制
李树桥《八十年代改革开放的决策机制》：“一条值得重视的经验在上世纪八十年代中国改革开放的实践里，在重大政策制定和行政决策的过程中，已经形成了党和国家最高决策层、学界、党委和政府部门、地方、基层之间良性互动的机制”（原载《炎黄春秋》2008年第4期)。
3、机制即经常性的会商渠道
2003年6月7日中国新闻社报道：“日韩双方希望能够参与解决朝鲜核问题的协商机制。”
《三方协商机制的作用》转自：互联网时间：2008年4月11日
“从三方协商机制产生和发展的社会现实和长期运行实践的客观效果看，政府、雇主、工人的相互合作，都在一定程度上缓和了劳资矛盾，减少了劳资纠纷，保护了工人的一些权益，稳定了劳动关系，这对于维护社会和平，促进经济发展和社会进步都起到了十分重要的作用。”
4、机制即渠道和规则
当代世界学术名著·经济学系列《世界贸易体系经济学》（作者：（美）贝格威尔，思泰格尔著，雷达，詹宏毅等译
出版社：中国人民大学出版社2005年10月出版）
内容简介：“关贸总协定（GATT）的继承者——世界贸易组织（WTO）的各种规则支配着国际贸易。WTO为商品和服务的国际贸易以及知识产权规定了行为准则，也为解决各种国际贸易问题提供了一个多国协商的场所，而且还为解决争端建立了一套规范的机制。”
5、机制即机理
《新华网》报道：《治理商业贿赂：把握着力点建立健全长效机制》（原载2006年04月26日《瞭望》杂志）。