可以通过
正反交的方法判断基因是在常染色体上还是
性染色体上。
正反交又称互交，是指两个杂交亲本相互作为母本和父本的杂交。如以A（♀）×B（♂）为正交，则B（♀）×A（♂）为反交。可见正交与反交是相对而言的，不是绝对的。如果正交与反交的后代雌雄表现是相同的，则控制该性状的这对
等位基因位于常染色体上；如果正交与反交的后代雌雄表现不同，则控制该性状的这对等位基因位于X染色体上。
例如：某
果蝇的红眼和
白眼为一对相对性状，已知红眼（基因用A表示）对白眼（基因用a表示）为显性，现有各型红眼、白眼的未交配过的雌雄果蝇若干，请判断控制红眼和白眼的基因是位于常染色体上还是位于X染色体上。解法如下：
①第一组：将多对红眼雌蝇与白眼雄蝇杂交，观察并统计后代的性状表现及比例。
②第二组：将多对红眼雄蝇与白眼雌蝇杂交，观察并统计后代的性状表现及比例。
③如果两组后代无论雌雄均表现为红眼，则控制该性状的基因位于常染色体上；
④如果第一组的后代均为红眼，第二组的后代中，雌蝇均表现为红眼，雄蝇均表现为白眼，则控制该性状的基因位于X染色体上。