(一)董事会制
具有法人资格的合作企业，一般实行董事会制。董事会是合作企业的最高权力机构，决定合作企业的重大问题，董事长、副董事长由合作各方协商产生;中外合作者的一方担任董事长的，由他方担任副董事长。
(二)联合管理制
不具有法人资格的合作企业，一般实行联合管理制。联合管理机构由合作各方代表组成，是合作企业的最高权力机构，决定合作企业的重大问题。中外合作者的一方担任联合管理机构主任的，由他方担任副主任。
(三)委托管理制
经合作各方一致同意，合作企业可以委托中外合作一方进行经营管理，另一方不参加管理;也可以委托合作方以外的第三方经营管理企业。
(四)议事规则
合作企业的董事会会议或者联合管理委员会会议每年至少召开一次，由董事长或主任召集并主持。董事长或者主任因特殊原因不能履行职务时，由副董事长、副主任或者其他董事、委员召集并主持。
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