复旦大学，上海交差通大学。
1、复旦大学，全省前50名，学校前身是1905年创办的复旦公学，虚镇是中国最早由民间创办的高等学校之一。2000年，复旦大学与上海医科大学合并，组建新的复旦大学。2017年，学校入选“双一流”建设高校A类名单。
2、上海交通大学，全省前45名，学校创建于1896年，原名南洋公学，1911年更名为南洋大学堂，1929年更名为国立交通大学，1949年更名为交通大学；1957年经历西迁与分设，分为交通大学上海部分和西安部分；1959年，交郑岩通大学上海部分启用“上海交通大学”校名；1999年，原上海农学院并入；2005年，与原上海第二医科大学合并。