主要区别在2个资质的对工程项目的专业划分、服务业务范围、资质等级、主管部门等均有所不同；
行业与专业领域划分的不同： 1）工程咨询资质所涉及专业领域的业务范围是按31个专业划分：（一）公路 ；（二）铁路 ；（三）城市轨道交通 ；（四）民航 ；（五）水电；（六）核电、核工业；（七）火电；（八）煤炭；（九）石油天然气；（十）石化；（十一）化工、医药；（十二）建筑材料；（十三）机械；（十四）电子；（十五）轻工；（十六）纺织、化纤；（十七）钢铁；（十八）有色冶金；（十九）农业；（二十）林业；（二十一）通信信息；（二十二）广播电影电视；（二十三）水文地质、工程测量、岩土工程 ；（二十四）水利工程 ；（二十五）港口河海工程；（二十六）生态建设和环境工程；（二十七）市政公用工程；（二十八）建筑；（二十九）城市规划；（三十）综合经济（不受具体专业限制）；（三十一）其他（按具体专业填写）； 2）工程设计资质所涉及行业的业务范围是按21个行业划分：（一）煤炭；（二）化工石化医药；（三）石油天然气（海洋石油）；（四）电力；（五）冶金；（六）军工；（七）机械；（八）商物粮；（九）核工业；（十）电子通信广电；（十一）轻纺；（十二）建材；（十三）铁道；（十四）公路；（十五）水运；（十六）民航；（十七）市政；（十八）农林；（十九）水利；（二十）海洋；（二十一）建筑；
工程咨询资质与工程设计资质2者的服务业务范围的不同：1）拥有“工程咨询资质”的企业，其服务业务范围：（一）规划咨询：含行业、专项和区域发展规划编制、咨询 ；（二）编制项目建议书（含项目投资机会研究、预可行性研究）；（三）编制项目可行性研究报告、项目申请报告和资金申请报告；（四）评估咨询：含项目建议书、可行性研究报告、项目申请报告与初步设计评估，以及项目后评价、概预决算审查等；（五）工程设计；（六）招标代理；（七）工程监理、设备监理；（八）工程项目管理：含工程项目的全过程或若干阶段的管理服务。2）拥有“工程设计资质”的企业，其服务业务范围：工程项目全过程的设计。
工程咨询资质是按照甲乙丙3个等级，工程设计资质是按照甲乙丙丁4个等级；
工程资质监管部门为发改委委托的工程咨询协会，工程设计资质的监管部门为建设部或建设厅。