皇帝不在旗，顺治前期为正黄旗旗主，顺治后为正白旗、正黄旗、镶黄旗旗主。
清朝各帝皇子其子孙（除去死后无嗣的）所在的旗籍分布为：
显祖塔克世系：
正蓝旗：穆尔哈齐子孙；
镶蓝旗：舒尔哈齐子孙；
镶黄旗：巴雅喇第二子拜音图子孙，第四子巩阿岱子孙；
镶白旗：巴雅喇第六子济玛护子孙。
太祖努尔哈赤的子孙：
镶红旗：褚英子孙、代善第二子岳讬子孙、阿济格子孙；
正红旗：代善子孙（除岳讬一支外）；
正蓝旗：阿拜子孙、阿巴泰子孙、赖慕布子孙、多尔衮子孙、多铎子孙；
正白旗：汤古代子孙、塔拜子孙；
正黄旗：巴布泰子孙；
太宗皇太极系：
镶白旗：豪格子孙；
正黄旗：叶布舒子孙；
镶红旗：硕塞子孙；
正黄旗：高塞子孙；
镶黄旗：常舒子孙、韬塞子孙。
世祖福临系：
镶白旗：福全子孙；
正蓝旗：常宁子孙。
圣祖玄烨系：
镶蓝旗：允禔、允礽、允祉、允禵、允禧；
镶白旗：允祺、允佑、允祹、允祁；
正蓝旗：允祀、允禟、允祥、允祎、允祜；
正红旗：允礻我、允禑、允礼。
世宗胤禛系：
正蓝旗：弘昼。
高宗弘历系：
正蓝旗：永璜。
镶红旗：永璋、永琪；
镶白旗：永璇；
正红旗：永瑆、永璂；
镶蓝旗：永璘。
仁宗顒琰系：
镶白旗：绵恺；
镶红旗：绵忻；
镶蓝旗：绵愉。
宣宗旻宁系：
镶红旗：奕纬；
镶蓝旗：奕䜣；
镶白旗：奕譞；
正红旗：奕詥；
正蓝旗：奕譓。
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