两者的最主要的区别，除了研究对象有所不同之外，还在于人文社会科学的研究成果，不但要像自然科学那样回答研究对象“是什么”、“为什么”，而且通常还要对研究对象作出直接或间接的价值判断，也就是通常还要回答“合理不合理”、“应该怎么样”。也就是说，人文社会科学的研究成果往往包含着研究主体对研究对象的价值判断。
正因为如此，首先，人文社会科学的内容就通常具有鲜明的时代性特征。人文社会科学各具体学科的研究对象总是随着时代的变化而变化的，进而也就使得人文社会科学的内容有了鲜明的时代性特征。
更重要的是，人文社会科学的研究者对研究对象作出价值判断的时候，总是深受时代精神的影响，使研究成果打上时代的印记。因此，无论是人文社会科学理论的形成或是运用，都不能与特定时代的背景性因素相分离。这是人文社会科学的个性特征，也是人文社会科学与自然科学的主要区分点。
其次，人文社会科学通常体现出一定的民族性。民族性具体表现为不同民族间在经济、政治、文化等各方面所存在的差异性。一个民族的独特民族文化精神必然向人文社会科学的研究对象和研究者渗透，这样，民族性也就必然反映到一个民族的人文社会科学的内容中来。
还有，人文社会科学在有阶级存在的社会发展历史阶段，往往可能具有某种阶级倾向性。在这一特定的社会历史条件下，由于人文社会科学研究对象和研究者都具有一定的阶级背景，主客观因素交互作用，使人文社会科学的研究活动和研究成果可能具有某种阶级倾向性。
但是，在谈论人文社会科学可能具有某种阶级倾向性时，一定要区分种种不同的情况，具体问题具体分析。
关于人文社会科学的民族性和可能具有某种阶级倾向性的问题，教材谈得比较充分，这里就不多说了。