原本穆斯林没有任何立场，他们住在南斯拉夫的南部，可加入二战要从于1929年4月20日在保加利亚的索菲亚成立的乌斯塔沙说起。这是一个极端的克罗地亚武装组织，主张将克罗地亚从南斯拉夫独立出去，建立一个信天主教的纯克罗地亚国家，反对信东正教的塞尔维亚人，二战时大部分人还加入了纳粹党卫军，建立了傀儡国家克罗地亚。由于文化上相近克罗地亚人把穆斯林当成自己的同胞，把乌斯塔沙在塞尔维亚的暴行中获得的好处与穆斯林分享。穆斯林有的参加了乌斯塔沙的克罗地亚国防军，有的参加了乌斯塔沙的种族清洗活动，甚至还有的参加了纳粹德国党卫军，组成了党卫军第13“圣刀”志愿山地师（克罗地亚第一师）和党卫军第23“短剑”志愿山地师（克罗地亚第二师）。乌斯塔沙政府甚至把萨格勒布的一座前博物馆改建为清真寺。而由支持南斯拉夫王国政府的南斯拉夫人组成的南斯拉夫抵抗军切特尼克由此和宗教原因则大量杀害穆斯林。切特尼克对波斯尼亚穆斯林和克罗地亚人展开了报复。这一地区在Visegrad，Zvornik，Foca，Cajnice和Pljevlja的周围。1942年铁托游击队大批到来之前，这里就一直被恐怖的种族清洗笼罩着。一份报告说大约有2000名穆斯林在Foca被杀害，大批穆斯林妇女被强奸，另一份报告说这一时期大约有1200名士兵和8000名平民在波斯尼亚东部边境和Sandzak被杀。后来切特尼克由抵抗军转而变成支持纳粹的南斯拉夫伪军，没加入纳粹的穆斯林便加入了铁托的游击队与那些极端克罗地亚，切特尼克，和为纳粹服务的穆斯林作战。
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