一、1956—1958年，交通部济南汽车机械学校（隶属于交通部）
在中央“中等专业教育要加速发展”的方针指导下，交通部根据交通事业的发展对人才的需求以及全国交通教育规划和布局，于1956年在济南创建中央人民政府交通部济南汽车机械学校。
1956年2月10日，交通部致函山东省交通厅要求协助筹建学校，并派蔡瑞霖同志负责学校的筹建工作。山东省交通厅抽调数名干部参加筹建工作，并租用济南市南大槐树北街裕兴里13号、15号数十间民房作为筹备处办公地点。
1956年8月下旬，学校各机构迁到新校址济南西北郊八里桥北(现交校路5号)，筹备处撤销。学校的中心工作转入教学和管理。
二、1958—1962年，山东交通专科学校（隶属于山东省交通厅）
1958年6月21日，根据中央关于中等专业学校体制下放的指示，交通部济南汽车机械学校划归山东省人民委员会管理。山东省人民委员会1958年7月8日安排山东省交通厅派专人与学校联系交接。
1958年12月，山东省批准成立山东交通专科学校。1960年山东航运学校并入。
三、1962—1966年，济南交通学校（隶属于交通部）
1963年8月28日，山东省交通厅遵照山东省人民委员会指示学校停办专科，改为中专，改名为济南交通学校，颁发木质印模一枚，自1962年9月1日起启用。
1963年11月13日，济南交通学校改由交通部领导，仍保持济南交通学校名称，主要任务是为山东省和华东地区培养汽车、筑路机械使用和维修方面的中级技术人才。
四、1966—1973年，地方国营济南卫东机械厂（隶属于济南市人民政府）
1969年初，交通部再次将学校下放给山东省革命委员会交通邮政局领导。
因为学校具有生产汽车发动机的技术基础、丰富理论知识和实践经验的教职工队伍和实习工厂等有利条件，1970年8月，济南市革命委员会通知学校接受研制701型直升飞机的任务。
1970年9月26日，济南交通学校改为地方国营济南卫东机械厂(亦称济南709厂)。其后又移交到济南市接管，由济南市重工局(后改为机械局)和国防工办领导。
1972年上半年，制造出3批15架飞机，9—12月在济南东郊郭店飞机场进行试飞，经试验能升空(学校与卫东机械厂分开后，飞机留在卫东机械厂，学校不再制造飞机)。
五、1973—1980年，山东省交通学校（隶属于山东省交通厅）
1973年4月，山东省革命委员会将培训越南实习生的任务交给原济南交通学校。卫东机械厂使用的原济南交通学校的人员、校舍、实习工厂、宿舍、教学仪器和设备等全部归还，移交给山东省交通邮政局。
1973年5月，恢复学校，改名为山东省交通学校，由山东省交通邮政局主管。
1973年12月，学校代管山东省交通技工学校（1973年山东交通技工学校并入），实行一套机构两块牌子。
1978年，学校开办大学本科4年制师资班。学校当年招收79名学生，这届学生1979年春季入学，享受国家师范生的待遇，1983年春毕业，由西安公路学院进行毕业答辩并授予学士学位。由于学校升格问题未解决，学校只招了一届本科生就停止了。
六、1980—1988年，交通部济南交通学校（隶属于交通部）
1980年3月，交通部再次将山东省交通学校收回直属领导，并改名为交通部济南交通学校。同年，教育部将学校定为全国重点中等专业学校之一，面向全国招生。
1984年7月，学校和山东省交通厅协作，开办自费走读、不包分配的济南交通职业专科学校，1987年停止招生。
七、1988年5月一1999年12月，交通部济南交通高等专科学校（隶属于交通部）
1988年5月23日，济南交通学校和济南交通职业专科学校合并（1984年济南交通职业专科学校并入），山东省教育厅同意将交通部济南交通学校暨济南交通职业专科学校升格成一所普通高等专科学校，学校实现了从中专到专科的历史性跨越。原济南交通学校有关专业作为附属的中专部。
八、1999年12月一2002年3月，济南交通高等专科学校（山东省政府领导、教育厅与交通厅共管）
1999年，国家对高等教育管理体制进行改革。学校管理体制也于2000年相应地发生转变，实行中央与地方共建，以地方为主的管理体制，在省内由山东省人民政府领导，实行省教育厅和省交通厅共管，以省教育厅管理为主的管理体制，中国重汽集团参与办学和管理。
2001年9月1日，全国高校设置评议委员会专家组对学校专升本进行考察。专家组认为，学校与中国重汽集团职工大学合并已基本具备了举办本科教育的条件，办学条件好，有较突出的专业优势，办学特色明显，发展潜力大。
2002年1月9日，学校由专科层次升格为本科层次的申请顺利通过全国高校设置评议委员会三届五次会议审议，学校升格后具体名称将由教育部审核批准。
九、2002年3月—2007年11月，山东交通学院（山东省人民政府领导、教育厅与交通厅共管）
中国重型汽车集团公司职工大学
前身是济南机械职工大学济南汽车制造总厂分校，创建于1978年。
1987年由原国家教委批准组建成立中国重型汽车工业企业联营公司职工大学，下设济南分校、潍坊分校、四川分校、株洲分校、杭州分校。
1991年更名为中国重型汽车集团公司职工大学，由原国家机械部主管。1999年改由原山东省教育委员会主管。
山东交通学院
2002年6月，山东省人民政府发出《关于济南交通专科学校与中国重汽集团职工大学合并组建山东交通学院的通知》，确定学校实行山东省教育厅与山东省交通运输厅共管，以山东省教育厅为主的管理体制，中国重汽集团公司参与办学和管理。
山东省水运学校
1965年，威海船厂半工半读中等技术学校建立。
1987年8月20日，经山东省交通厅批准威海船厂半工半读中等技术学校更名为山东省威海水运学校1988年开始招生。
1992年12月24日，STCW78/95公约生效后，当时的山东省水运学校逐步开展了公约要求的各项海员专业、特殊培训项目。1998年3月23日，山东省威海水运学校取得客船、客滚船船员特殊培训资质，1999年7月1日取得“熟悉和基本安全培训”、“精通救生艇筏和救助艇培训”和“精通急救培训”培训资质。
2000年5月8日，经山东省政府同意山东省威海水运学校更名为山东省水运学校。
2002年7月24日，经《山东省人民政府关于同意建立山东交通职业学院的批复》批准成立了山东交通职业学院，船舶驾驶和轮机管理专业设在山东省水运学校。2003年9月16日，经《关于批准山东省水运学校水上专业毕业生参加甲类海船船员适任证书全国统考的函》批准，山东省水运学校水上专业毕业生自2005年1月份（总第36期）开始，参加甲类海船船员适任证书全国统考。
2005年7月19日，经《山东省人民政府关于同意将山东省水运学校并入山东交通学院的批复》批准山东省水运学校并入山东交通学院，成立山东交通学院海运学院，同时撤销山东省水运学校建制。
十、2007年11月至今，山东交通学院（省部共建高校）
2007年11月，交通部和山东省人民政府联合公布《中华人民共和国交通部关于共建山东交通学院的意见》。
2009年，山东省政府批准为山东省船舶与海洋工程专业人才教育培训基地，山东省教育厅批准为山东省首批研究生联合培养基地单位。
2011年，成功获批培养硕士专业学位研究生试点工作单位，包括交通运输工程、船舶与海洋工程两个领域涉及船舶与海洋结构物设计制造、船舶电子电气与轮机工程、海洋运输与物流工程、游艇邮轮工程、车船运行安全与节能环保、港航路桥及隧道工程等六个专业方向。
2013年，山东省教育厅、财政厅发布《关于公布山东省高等教育名校建设工程第二批立项建设单位的通知》，山东交通学院获批成为“山东特色名校工程”重点建设的应用型人才培养特色高校。
同年，获批教育部重点研究项目“应用科技大学改革试点战略研究”项目首批试点院校。
