是可以的。在起诉离婚的时候是可以进行协议离婚的，但当事人要先到法院进行离婚撤诉，只要夫妻双方商量好了，在夫妻共同财产分配以及债务分割孩子抚养权等方面达成一致就可以到当地的民政局办理离婚手续。一旦起诉离婚被法院立案受理之后，在法官进行宣判之前，当事人可以以书面或者口头形式，向当地的人民法院提出撤回其起诉的要求。
一般情况下，如果你已经起诉离婚，那么就直接等待法院出判决就好了，但是如果你们夫妻双方可以在法庭上进行调解，法院也可以直接给你们出调解书，调解书和判决书，其实都是差不多，都是法律出具的司法文书，都可以直接导致你们正式的离婚结果，不论你收到了判决书，还是调解书，都已经算是正式离婚，不需要再去民政局补办离婚手续了。
还有一种情况就是你虽然向法院起诉了离婚，但是由于种种原因，你又申请撤诉了，那么等于你没有最终走完司法程序，这时候你依然可以重新选择，是继续重新起诉，还是直接到民政局起诉离婚？这个都是不影响的，因为你撤诉之后等于法院没有出判决，还没有正式离婚，可以重新进行选择。
我国在婚姻的体制上实行的是结婚自愿，离婚自由的方针，只要在双方的自愿情况下，符合结婚的年纪，随时都可以登记结婚。双方要是感觉婚姻失去了灵魂，再也不能捏合生活在一起，就有权申请解除婚姻。
双方能够坐下来进行协商，在平等的状态下，没有任何外来干涉和逼迫的环境里，签订的任何离婚协议条款都是合法的。如果双方的意见不能统一，协议不成，才是走法律的程序起诉到法院，依法解除婚姻的。
正如楼主所说，起诉离婚后是否还可以协议离婚的这个问题，当然可以了，别说你们有了统一的意见，能够坐下来协议离婚，就算你们不想离婚了，要撤销起诉离婚的诉状，随时都可以，这是你们的权利，是合法的权利就会受到法律的保护。
不过，既然你们最终的目的还是要离婚的话，也可以在法院的调解下，双方协议离婚的。只要详细的拟定了协议的条款内容，落实好离婚后双方心须履行的责任和义务。例如，共同财产的分割和对未成年孩子的抚养问题。又何必又多此一举，这边要撤销起诉，那边又跑到民政局申请离婚，也不怕多事，累不累呀！
希望我的回答可以帮到你。