该病主要以心理治疗为主，以药物治疗、物理治疗等为辅。去除心理病因后，正常代谢恢复后其他症状也会好起来，预后良好。
治疗周期
植物神经紊乱需要进行长期持续性治疗。
药物治疗
SSRIs
即五羟色胺受体再摄取抑制剂，临床上广泛使用在出现相应焦虑抑郁症状患者身上效果很好，其中有代表性的药物是氟西汀、帕罗西汀、文拉法辛、舍曲林和草酸艾司西酞普兰等，是目前治疗植物神经功能紊乱和焦虑抑郁的一线药物。
β受体阻滞剂
用于治疗多种原因所致的快速心律失常，如房性及室性早搏、窦性及室上性心动过速、心房颤动等，但室性心动过速宜慎用。也可用于心绞痛、高血压等。禁用于窦性心动过缓、重度房室传导阻滞、心源性休克、低血压症患者。可增加洋地黄毒性的作用，对已洋地黄化而心脏高度扩大、心率又较不平稳的患者禁用。作为对症治疗，改善植物神经紊乱患者的心脏神经症状。
苯二氮卓类
适用于焦虑症及各种功能性神经症。失眠，尤对焦虑性失眠疗效极佳。BDZ类药物过敏者禁用。新生儿、妊娠期、哺乳期妇女禁用。可出现嗜睡状态，驾驶机动车和高空作业者慎用。
谷维素
适用于植物神经功能失调、周期性神经病、脑震荡后遗症等，老年人、孕妇、胃肠功能严重紊乱者禁用。调节植物神经功能，给予神经必要的营养。偶尔可出现胃肠道不适。
手术治疗
植物神经紊乱一般不进行手术治疗。
心理治疗
建议病人多和周围的人建立良好的沟通，有不良情绪及时抒发，做事不要冲动，也不要思虑过多。
如有失眠、焦虑、抑郁情绪严重者，建议找专科心理医生做咨询治疗。
中医治疗
从中医角度，自主神经分布到全身各处，一旦失调，必然会出现相应系统的异常症状。根据不同的临床症状辨证施治，患者需到正规医疗机构，在医师指导下进行对症治疗。